儿童变应反应（过敏）与免疫科于2016年正式成立，是浙江省医学会变态反应学分会副组长单位，浙江省医学会儿科免疫学组组长单位和浙江省儿童哮喘协作组组长单位。同时是国家临床重点专科（儿童呼吸学科）和浙江省医学支撑学科（儿童呼吸免疫）的主攻方向之一。学科国外合作科室为美国弗吉尼亚联邦大学医学院儿童医院变态反应与免疫科（温州医科大学客座教授、学科顾问赵伟教授担任美国弗吉尼亚联邦大学医学院儿童医院、儿童变态反应与免疫科主任），为儿童变态反应（过敏）与免疫科的发展搭建了国际合作交流平台。

医院于2005年成立哮喘、鼻炎标准化变应原疫苗治疗诊疗中心,2008年9月获得“中国标准化脱敏中心”认证(全国仅有8家儿童医院取得此认证),2014年国际化标准免疫诊疗中心高峰研讨会暨授牌仪式接受认证授牌，系国内第三家获此殊荣的中心（儿科领域第一家）。免疫治疗病例数在全国儿童医院中名列前茅。

学科主要诊治范围包括哮喘、食物过敏、顽固性荨麻疹、过敏性咳嗽、药物过敏和嗜酸性粒细胞增多相关疾病的规范化治疗，同时诊治免疫缺陷病、反复顽固性喘息等，针对哮喘、过敏性鼻炎患儿开展免疫治疗和免疫治疗咨询。学科除了开展专科门诊工作之外，目前同时开展儿童支气管哮喘专病门诊、儿童食物过敏专病门诊，牵头开展儿童哮喘合并鼻炎联合门诊工作。