扬州中医院综合外科成立于建院之初。目前该科已拥有不少市内一流的中、西医专家，从普外、儿外、胸外、到泌尿外科等，实力雄厚、技术精湛，对各种外科疾病的治疗具有丰富的经验和较高的水平，享有良好的社会声誉。

外科治疗的常见病包括各种外伤、胆囊炎、阑尾炎、肝胆管结石、脾功能亢进、巨脾症、消化道肿瘤、急性胰腺炎、肠梗阻、外伤性肝脾破裂、胃肠穿孔、甲状腺及乳房的各种疾病。在急腹症的诊治和腹部多脏器损伤的抢救方面也积累了丰富的经验。

泌尿外科治疗的常见病包括肾上腺、肾脏肿瘤，膀胱、睾丸肿瘤，肾、输尿管、膀胱结石，前列腺增生症，急慢性前列腺炎，精索静脉曲张，睾丸鞘膜积液，小儿疝气、隐睾，肾、膀胱、尿道外伤，男性不育证，男性性功能障碍等。