北京世纪坛医院药剂科成立于1915年（民国四年）4月，京汉铁路医院创办之时。当时医院定编39人，设有病房、门诊部和药房，其中药房定编3人（当时称为司药），“司药长一人，一等司药一人，二等司药一人”，负责调配处方并配置一些简单的制剂。京汉铁路医院即为北京世纪坛医院的最早的前身，在五代药剂科主任的带领下，已经走过了96年历程，药剂科由最初的3人编制，发展为今天的96人编制；由单纯的调剂专业发展为具有调剂、制剂、临床药学、教学、科研于一体的完善的学科体系。
目前，药剂科设置：制剂专业（普通制剂、灭菌制剂、中药制剂）、药品检验专业、调剂专业（西药调剂、中药调剂）、临床药学专业（肿瘤、内分泌）、Ⅰ期药物临床试验病房、药代动力学实验室。
