药剂科由药品库房（西药库、中药库）、急诊药房、西药房（门诊药房、干部药房）、中药房（门诊中药房、院部中药房）、住院部药房（针剂药房、摆药站）、制剂药房、临床药学11个组组成。是集药品的采购供应、处方调配、经济管理、临床药学及贯彻执行药政法规于一体的综合性科室。始终坚持“以病人为中心，提供全方位的药学服务”。药剂科实行全面药品质量管理制度，把药品质量放在首位，药品管理全部信息化。

药剂科共有药学人员83人，其中主任药师1名，副主任药师4名，主管药师35名，药师30名，药士13名。

药剂科承担首都医科大学医疗系学生临床药理课的授课任务并承担药学大专班实习带教工作。

药剂科开展药学信息服务，定期编辑出版《复兴药讯》及用药知识宣传，有专人下临床参与临床合理用药，为住院患者提供药学服务。在门诊设立用药咨询窗口，解答门诊病人用药疑难。作为北京市药品不良反应监测中心成员单位，负责全院的药品不良反应（ADR）上报工作。

此外，药剂科开展临床治疗药物监测工作，全自动药物浓度检测仪（TDX），能快速、灵敏、准确的进行血药浓度监测，为临床个体化给药提供依据。