中西医结合科前身追溯到1954年5月建所时成立的中医室，当时聘请尚古愚、赵炳南等著名中医担任中医中药临床研究的指导工作，并指派专人学习中医经验，全所95%以上的人参加中国医学科学院举办的中医学习班，使中医药学习具有全所性。积极开展中医药治疗瘢痕疙瘩、神经性皮炎、晚期梅毒、结核样型麻风、阴茎癌、皮肤慢性溃疡等研究；门诊90%以上的病人采用中医、中药、针灸、梅花针、穴位封闭、拔火罐等疗法。1959年中医室负责人吴绍熙，邀请中医研究院、北京中医院、北京中医学院等联合研究多项课题，还开展中药抑、抗真菌的研究，对中药大戟的系统分析，完成土木香和广木香抗菌谱的测定和20种中药的初筛工作。1970该所搬迁至泰州，未单设中医室，但有中医师出席门诊。

1984年该所迁入南京，1987年成立中西医结合科，吴绍熙教授兼科主任。1989年4月，张怀亮主任医师接任中西医结合科负责人，在张怀亮主任带领下，经过20余年的发展，科室已建成具有现代中医皮肤科的的特色科室，承担该院所中西医结合医、教、研工作，采用中西医结合的方法开展对各种疑难皮肤病的治疗，中医治疗室坚持开展传统中医药治疗项目：针刺、水针、梅花针、艾灸、中药美容等，形成我院的中医特色。多次主办国内和省内中医专业学术会议和国家继续教育培训班。另外，该科提供的协定中药处方生产的自制中成药和代煎中药，取得良好的经济效益和社会效益

“十三五”规划大力发展和扶持中医药事业，中医药迎来了前所未有的发展机遇；所院新门诊大楼投入使用为该科发展提供了足够的空间；长期以来患者就诊的中医药需求；以及中西医结合科自身进一步发展等因素。在所院领导大力支持下，经过前期准备、试运行，于2016年5月23日正式开设中西医结合科门诊和中药房。

中西医结合门诊以中医基础理论为指导，结合现代医学，通过中西医优势互补，采用中医辨证施治，为患者提供个性化特色治疗。目前发展定位于：损美性皮肤病：中重度痤疮、顽固性扁平疣、颜面再发性皮炎、激素依赖性皮炎、玫瑰痤疮、黄褐斑、斑秃、白癜风等；复发性皮肤病：肥厚性神经性皮炎、慢性荨麻疹、湿疹、皮肤瘙痒症；红斑鳞屑性皮肤病：银屑病、玫瑰糠疹、扁平苔藓、多形红斑等；感染性皮肤病：病毒疹、疖痈、带状疱疹、丹毒等；皮肤血管性皮肤病及慢性溃疡：过敏性紫癜、变应性血管炎、结节性红斑、色素性紫癜性皮肤病等；自身免疫性皮肤病的中西医结合治疗。中医治疗室特色治疗：中药冷喷、中药倒膜、中药超导、中药塌渍、头皮针、梅花针、艾灸等。

中西医结合门诊从中医优势病种切入，采取遴选病种、优化方案、临床验证、形成路径，开展特色优势中医专病建设，建立完善的专病患者数据库，为临床和基础科学研究提供可靠数据；加强中医药临床优势病种的研究，充分发挥中医的治疗潜力，在诸多病症上做到病有专治，治有特色，对有效方剂加以运用推广。