1956年建院设科，时有医生9人，护士1人。首任科主任佟阔泉，副主任张仲元、梁仪韵。科内还有白云峰、付定葊、邵道斋、刘玉初、王秋侠等老中医。1957—1958年，佟主任带领中医科参加儿科病房重症抢救工作，治疗小儿麻疹、肺炎、流脑、乙脑、中毒性痢疾等疾病，降低了死亡率。
1970年，毕业于北京第二医学院的马圣华、卢世贤、耿昱成为中医科的首批高校毕业生。他们跟随老中医学习，成为中西医结合工作的骨干。
1981年7月—1984年5月，设立中西医结合病房，病床8张，主要收治消化系统疾病患者，开展“胃血宁治疗消化道出血”和“青黄散灌肠治疗溃疡性结肠炎”临床观察。共收治病人230人，疗效很好。
1983年至1986年设立家庭病房，共收治患者148人。
1990年，北京市启动名老中医经验继承整理工作，林珠、杨玉华分别带教马学清、梁志齐，形成了完整的师承体系。
1991年，马圣华任中医科副主任，马学清任中医支部书记。
1992年5月—1998年11月设立中医病房，病床4张，收治患者294人。
2000年，整合中医科、正骨科、针灸科为传统医学科，首任传统医学科主任马圣华。
2008年，传统医学科参加北京市中医管理局“北京市综合医院示范中医建设项目”。全科共同努力，基本完成建设项目的要求，但因中医病房一项院内暂时不能落实，未通过验收。
2012年回龙观院区正式启用，科室日均门诊量150人以上。
截止2015年中医科学历构成：博士1名，硕士5名，本科4名。在岗医护有正主任医师4名（含返聘3名），副主任医师3名（含返聘1名），主治医师5名，住院医师2名，主管护师2名。
（二）专业技术1、业务目前中医科有呼吸、消化、心血管、妇科、儿科、内分泌、风湿病、骨质疏松症、股骨头坏死、更年期综合症征、代谢综合征、情感障碍性疾病、亚健康、皮科等专业门诊。
2、人才梯队建科初期拥有清代御医佟阔泉及北京名中医张仲元、梁仪韵等著名中医专家。在他们的培养下，又成长起北京市名老中医林珠、杨玉华，以及薛强、王荣龙等经验丰富的临床医师。经过近50多年的历程，中医人才队伍不断壮大。形成了老中青衔接的人才梯队。
（三）科研教学与学术交流1988年，参与北京市卫生局“七五攻关”课题—“脾虚实质的探讨”，子课题“加味四君子汤（健脾益气方）的临床疗效观察和实验研究”、“神经介质和消化道激素与中医证型的关系分析”。
2010年9月—2012年5月，参加国家重点基础研究发展计划（973计划）—“基于临床研究的经方量效关系研究”的子课题“葛根芩连汤治疗2型糖尿病（湿热困脾证）量效关系研究”临床分中心研究工作，已结题。
2013年，申请成功北京市中医药科技项目“低25—（OH）VitD3（25—羟维生素D3）骨质疏松症患者的中医证型研究”，项目自2014年1月起，在研。
2、专著、论文自建科以来，有数百篇临床总结、个案分析、经验传承文章，在科内交流。发表在学术杂志上的论文、译文近百篇，其中第一作者论文60篇。专著1本，参编书籍8本。
（1）1956年医院开展西学中教学工作，佟老等老中医任教。
（2）1976年起，承担院校的中医教学工作。其中包括北医76级工农兵学员教学及实习60人；本院西学中班（主治医以上脱产学习）9期123人；北医医士班一期；北医医疗系77级以后在本院临床教学的历届学生；以及北京中医学院分院30人的临床实习；外院进修医师11人。现在承担的教学有北京大学医学部医疗专业八年制、北京市护士学校积水潭分校中医基础课程。
4.学术交流每年都有医师参加北京中医药学会年会、中华中医药学会脾胃病分会、心脑血管分会、糖尿病分会、睡眠分会、儿科分会、亚健康分会及中华医学会骨质疏松分会等学术活动，有多篇论文参会交流。梁仪韵名家研究室于2011年组织传承论坛，市中医局领导、多家“3+3”室站人员参加交流指导。
中医科重视传承、师带徒工作。1959年起林珠拜佟阔泉为师，杨玉华、薛强分别拜梁仪韵、张仲元为师。1966年三人通过考核，日后成为中医科的专业技术骨干。
1990年，北京市启动名老中医经验继承整理工作，林珠、杨玉华正式收马学清、梁志齐为徒。
2008年申请北京市中医管理局“薪火传承3+3建设项目”，获批建设“薪火传承3+3”名家研究室——“梁仪韵名家研究室”，开发了积水潭名老中医信息分析系统。杨玉华老中医以古稀之年承担研究室顾问。研究室在2012年5月通过验收，正式挂牌；研究室为名老中医经验传承提供了一个工作平台，也为后辈医师学习中医提供了良好的环境。
（五）主要荣誉省部级集体：1989年北京市中医研究所、北京中医院、北京市第六医院、北京妇产医院、北京积水潭医院、北京永定医院六单位参与北京市卫生局“七五攻关”课题：“脾虚实质的探讨”。该项目子课题“加味四君子汤（健脾益气方）的临床疗效观察和实验研究”获北京市科技成果二等奖；“神经介质和消化道激素与中医证型的关系分析”获科技成果三等奖。
厅局级集体：1991年中医科获得北京市工会“民主管理先进小组”、市卫生局“尊老敬贤”先进集体奖励。
个人：1979年梁仪韵、张仲元入选北京市卫生局组织编纂的《北京市老中医经验选编》。
1991年林珠著《佟阔泉医方医论》获市科技局进步成果一等奖
1995年杨玉华、林珠获北京市继承老中医学术经验指导老师荣誉证书
1995年梁志齐获北京市老中医学术经验继承工作二等奖
北京积水潭医院中医科成立于1956年建院之时，建科初即有清代御医佟阔泉、及北京名中医张仲元、梁仪韵等著名中医专家。在他们的培养下，又成长起北京市名老中医林珠、杨玉华。经过近50多年的历程，中医人才队伍不断壮大。中医科现在拥有掌握现代医学知识并与传统医学紧密结合的高等中医人才。
中医科以内服中药(及/或中成药)为主要治疗手段，治疗范围广泛。凡内科(心脑血管病、消化、呼吸、泌尿、内分泌、风湿免疫、老年性疾病等)、妇科、皮肤科、骨质疏松、亚健康状态、骨无菌性坏死等疾病，均可选择中医治疗。中医药治疗具有个体化的特点，强调辨证施治，因证立法，方随法成，副作用小，效优价廉，尤其适于需要调理的患者及亚健康人群。诊疗业务已形成一定的规模，设有呼吸、消化、心血管、妇科、儿科、内分泌、风湿病、骨质疏松症、股骨头坏死、更年期综合症征、代谢综合征、情感障碍性疾病、亚健康等专业组。
