北京积水潭医院针灸科成立于1956年，首任科主任就是在京城素有盛名的“南王北胡”之称的北胡-毫发金针胡荫培，同期还有刘久庵，冯治中等著名针灸医师，建院伊始慕名前来找胡老看病患者众多，每天都近百人。
在胡老的精心教育培养下，又带出了王木琴，陆续华，吴佳起等高徒。
吴佳起主治医师与本院张书鹏袁珍等人合作发明的《推按运经仪治疗胆囊结石410例研究》，该成果1987年获北京市科技进步一等奖，1988年获国家中医管理局医药科技进步奖二等奖，1989年获国家科技进步三等奖，在全国医药卫生科技成果展览会上获奖并受李鹏接见。
2002年，针灸科王志芹，熊大昌二位医师，受卫生部派遣作为第十八批援助几内亚医疗队队员，克服重重困难，远离家庭，到世界上最贫穷落后的国家之一的西非国家几内亚进行援外医疗工作。很快熊大昌医师成为医疗队核心队员在工作之余，还参加了几内亚高管的几乎所有保健工作，如几内亚三军参谋长卡马拉，国防部办公室杜尔少将及时任的财政部长，总统府办公室主任，农业部长等等，都进行过保健治疗，尤其是2003年初，时任几内亚总统孔戴突发脑梗死引起右半身麻木不利，求助于中国医疗队进行治疗，熊大昌医师运用中国传统针灸配合适当按摩，很快似的孔戴总统病情得到好转，稳定和恢复。为此孔戴总统在2004年十八批医疗队归国前，特意召见医疗组成员表示感谢并合影留念。
2004年下半年，正值派出以积水潭医院为主的第十九批医疗队缺少一名针灸医师，熊大昌再次主动申请二赴几内亚进行援外任务，并于2006年圆满完成援外任务归国，成为北京市第一个连续二届援外的医疗队员。
现状：现在针灸科成为传统医学科的一部分，科室现有人员6人，副主任医师1人，主治医师3人，护师1人，其他人员1人。科室虽小但仍然承担了北医的教学，院内会诊以及回龙观新街口两院区的门诊，及周末节假日的值班任务。
针灸科诊疗特点：针灸科是在中医理论和针灸理论的基础上，运用针刺等物理治疗方法，结合中医中药，发挥物理疗法结合内服及外用的综合治疗优势。具有适应症广泛、疗效迅速显著，无毒副作用等特点。在中医“治未病”和“治病求本”的治疗思路的指导下，运用中医和针灸的专业技术，对疾病进行预防和治疗。以敬业求实的精神和优质真诚的态度，为广大病患服务。
针灸科特色治疗：针刺疗法、拔罐疗法、耳针疗法、三棱针放血治疗、电针、红外线治疗、穴位敷贴疗法、腕踝针疗法、火针疗法等。
针灸科治疗的优选病种：治疗范围广泛，涉及骨伤科、内科、妇科、儿科、皮肤科、耳鼻喉科、神经内科等多学科的病症。主要如下：
1、骨伤科病症：各种痛症及退行性骨关节病变，如肩周炎、颈椎病、腰椎间盘突出、坐骨神经痛、膝骨性关节炎、网球肘、滑膜炎、软组织损伤等；
2、内科病症：失眠、头晕、头痛、偏头痛、胃肠疾病、抑郁症、更年期综合征等；
4、耳鼻喉科病症：过敏性鼻炎、鼻窦炎、耳鸣、扁桃体炎、咽炎等；
5、神经科病症：中风偏瘫、周围神经损伤、末梢神经炎、周围性面神经炎（面瘫）、三叉神经痛等
6、妇科病症：月经失调、痛经、乳腺炎、乳腺增生、各种内分泌失调等；
穴位敷贴治疗：“三伏贴”“三九贴”对支气管哮喘、慢性支气管炎、慢性鼻炎、过敏性鼻炎、反复感冒等冬天易发作的宿疾可防可治。
