肛肠科是医院重点专科,主要治疗溃疡性结肠炎、慢性结肠炎、肠易激综合征、便秘以及肛门疾病（痔疮、肛瘘、肛裂、肛周脓肿,肛门瘙痒症）等。尤其对慢性结肠炎、溃疡性结肠炎的治疗独具特色。采用纯中药制剂芪黄肠康液应用专利仪器“CDH-1000A型气液多功能全结肠给药器”实施“中药导入气流弥散法”治疗。该治疗方法的特点是药物与病变的结肠粘膜直接充分接触发挥作用，而且药液保留时间长、弥散面积广，疗效高、无痛苦、无明显副作用，治疗简便，无需住院。近年来治愈全国各地结肠炎患者5000余例，并在省内外各地推广，受到患者好评。该疗法通过了省科委的专家鉴定，荣获江苏省中医药科技进步二等奖及南京市科技进步三等奖，填补了医学治疗学上的一项空白，达到国内领先水平。

肛肠科针对不同时期的痔、肛瘘、肛裂，肛门瘙痒症等采用药物、微波、中药熏药，无痛手术等系列方法治疗，痛苦小，治愈率高。