针灸科是医院中医传统特色的科室，前身为江苏省中医药研究所针麻室，迄今已有40余年历史。科室现有医师7名，其中主任中医师1名，副主任中医师2名，主治中医师3名，硕士4名，均在省针灸学会担任职务。科室承担了南京中医药大学国教院的外宾带教任务，同时也是南京中医药大学、河北中医学院、宁夏医学院等多所高校的本科生、研究生的临床教学、床边教学点。先后有两位主任多次远赴马其他、瑞士、卢森堡等进行医疗援助，为援助国政府首脑及内阁官员提供家庭保健服务，深受当地官员和患者的欢迎。

科室突出传统针灸特点，各种疗法齐全，临床疗效显著，诊疗范围涉及临床各科，如：中风后遗症、面瘫、颈椎病、肩周炎、落枕、急慢性腰痛、骨性关节炎、头痛、三叉神经痛、近视、呃逆、胃肠疾病、胆绞痛、肾绞痛、眩晕、失眠、鼻炎、耳鸣、带状疱疹等数十种疾病，尤其是对于神经系统疾病、各类痛症疗效更显著。

科室目前已开设针灸减肥美容专科门诊，采用微针疗法，穴位埋线等方式调理机体，利水消肿，治疗单纯性肥胖及月经失调，围更年期综合征等。