南京大学医学院附属鼓楼医院风湿免疫科创建于1979年，有着良好的声誉（在全国医院专科声誉排行榜上名列第五位），历经几代人的努力，目前是国家临床重点专科、江苏省科教兴卫重点学科、江苏省临床重点专科、江苏省风湿免疫疾病诊疗中心、南京风湿免疫病临床医学中心、南京风湿免疫病干细胞治疗中心、南京大学风湿免疫研究所。编制床位61张，年门诊量超7万人次，年收治病人超过2000人次。学科现有医护人员44人，包括高级职称人员9名，博士17名，6人学成回国。拥有博士生导师2名，硕士生导师2名。是南京大学、南京医科大学、南京中医药大学、东南大学博士点。科室与美国国立卫生研究院、美国宾夕法尼亚大学、美国南卡医科大学、英国谢菲尔德大学、法国巴黎第七大学、香港大学、欧洲骨髓移植自身免疫病工作委员会建立了实质性合作关系。2011年4月成立“南京大学鼓楼医院-南卡医科大学风湿病中心”，2012年6月成立“南京大学风湿免疫研究所”。

八十年代，开展了腮腺造影、同位素腮腺扫描、鼻唇粘膜活检等用于干燥综合征的诊断；开发了猪胸腺素用于干燥综合征等多种免疫病治疗，获卫生部科技进步一等奖。九十年代，开展了系统性红斑狼疮造血干细胞移植治疗，2007年3月开展异基因（异体）间充质干细胞移植治疗系统性红斑狼疮及多种自身免疫病，狼疮干细胞的临床和基础研究。科研成果获江苏省科技进步一等奖、江苏省新技术引进特等奖、江苏省医学奖一等奖、中华医学奖二等奖等奖项30多项，目前科室已获得国家自然基金33项，省部级基金26项，在国内外高水平的学术杂志上发表相关论文413篇，其中SCI收录107篇。

·新型免疫抑制剂联合治疗风湿免疫病，超大剂量化学治疗重症风湿病

·免疫实验室和检查室开展多种自身抗体如抗核抗体、抗中性粒细胞胞浆抗体、抗线粒体抗体、抗微粒体抗体、类风湿因子定量、补体检测、角膜荧光染色、腮腺造影、唇粘膜活检等协助诊断自身免疫病。

·主要的诊治疾病：红斑狼疮、类风湿关节炎、干燥综合征、强直性脊柱炎、骨关节炎、白塞病、肌炎/皮肌炎、硬皮病、血管炎、免疫性肝病等风湿免疫病。

孙凌云主任医师、博士、教授、博士生导师，南京鼓楼医院副院长、南京大学风湿免疫研究所所长。现任国家干细胞专家委员会委员、中国医药学会干细胞质量控制和研究委员会副主任委员，中国抗衰老学会交叉委员会副主任委员，江苏风湿病学会主任委员。曾任全国风湿病学会副主任委员。在国际上首先开展异体间充质干细胞治疗红斑狼疮等自身免疫病，已完成968例，在国际大会发言40余次。在CellStemCell、NatImmunol、NatMed、JEM、CellReserch、ARD等国内外发表论文455篇，其中SCI论文135篇，主参编专著16部。IntJRheumDis、PathologieBiologie副主编，ArthritisResTher、QJM编委。获江苏省科技进步一等奖、中华医学二等奖等。承担国家省部级科研项目22项。2015年获第七届国家卫生计生突出贡献中青年专家。江苏省医学杰出人才、江苏省中青年首席科学家、南京十大科技之星、南京科技功臣。2002国务院特殊津贴。