南京市中医院脑科集急诊、心脑血管、针灸的优势于一体，形成了“突出中医特色，针药结合，急救与康复结合，中医与西医结合”的治疗特色，并形成了治疗中风的系列处方。脑科成立了华东地区首家中西医结合卒中单元。

脑科拥有中医特色的“卒中单元”，注重中西医结合、针药结合、急救与康复结合，对神经科常见病、多发病进行诊治，如各种头痛、眩晕、癫痫、帕金森病、睡眠障碍（失眠、多睡）、中风、痴呆等；对脑出血、脑梗塞、蛛网膜下腔出血等急性中风进行针对病因的手术或介入治疗，坚持中医药辨证施治原则，采用多途径给药方法；对中风偏瘫病人进行中西医结合早期康复训练，强调防治、救治、康复等多环节的医学综合措施。