感染性疾病科为2018年南京市卫计委高层次人才引进团队基础上建设而成，目前为南京中医药大学中西医结合感染病硕士点，复旦大学附属华山医院感染联盟分中心建设单位，下设感染、肝病和全科三个亚专科，开设肝病、发热、腹泻三个专病门诊。感染科22病区开放床位40张，拥有主任医师1名，副主任医师2名，主治医师4名，住院医师2名，其中博士2名，硕士6名，多人在国家、省市各学术专业学会任职，科室依托感染病原实验室，以各类发热疾病、复杂重症疑难感染、肝病及各类慢性病为重点发展方向，在病毒、细菌和真菌感染，不明原因发热和新发感染性疾病、急慢性肝病诊治等方面具有丰富的临床经验。

全科门诊重点关注个体、家庭的健康状况，关注慢性疾病的综合管理。诊治范围包含社区常见疾病及各类慢性病：上感、急性发热、心血管疾病、高血压病、糖尿病、高尿酸血症、痛风、肥胖、脂肪肝和卒中康复等，还包括高危人群筛查及非系统健康体检、未分化疾病及亚健康的鉴别诊断等。

肝病门诊，在江苏省中西医结合感染病学会和肝病学会主任委员薛博瑜教授、博导的指导下，采用中西医结合方法诊治各类型病毒性肝炎、脂肪肝、肝硬化、肝癌，自身免疫性肝病，对黄疸待查及原因不明的转氨酶升高等疑难肝病等具有丰富的临床经验，肝病门诊配备肝脏瞬时弹性诊断仪，可精确评估肝脏纤维化及脂肪肝程度，与内分泌科和针灸科合作开展中西医结合脂肪肝减重治疗；同时与超声诊断科、介入科合作开展慢性乙型肝炎、慢性丙型肝炎、基因亚型测定、肝癌、肝脓肿、肝囊肿的介入治疗。