南京市中医院急诊科为中西医综合实力较强的特色专科，经过多年发展，规模不断扩大，形成以120院前急救，急诊科急诊和急诊重症监护为一体的完整急救体系。急诊科室齐全，包括急诊内科、外科、神经内外科、儿科、妇科、眼科、五官科、骨伤科，科内设置有急诊ICU、急诊病房、急诊留观室、输液室，为广大危急重患者提供24小时全天候服务。

配备有心电监护仪、呼吸机、除颤起搏仪、心肺复苏机、自动洗胃机、亚低温治疗仪、床边血气分析仪等诊疗设备，可以开展有创（无创）血流动力学监测、氧动力学监测、无创通气、气管插管呼吸机通气治疗重症呼衰、对危重病人的营养支持及病原菌监测等技术。

对中医分类的热证、血证、痛证制定了规范化的诊疗方案，并开发了中医特色的专科制剂。在急症工作中开展了各种中医特色疗法，如针灸、拔火罐等技术，发挥中医特色。

危重病人的抢救以中西医结合为主导，在中西医结合抢救治疗多器官衰竭、心脑血管疾病、呼吸、消化、内分泌病变、各种原因引起的大出血、休克、各类中毒等内科急重症及各种骨折、多种复合伤等外科危重症方面有独特的优势。

现有主任医师1名，副主任医师3名，主治医师3名，主管护师2名，住院医师4名。并承担南京中医药大学的急诊医学教学工作和急诊临床各项科研工作。2006年被南京市卫生局确定为“南京市中医重点专科”建设单位，2007年被江苏省中医药局确定为“中医药对突发公共卫生事件能力”建设项目单位，2008年被国家中医药管理局确定为“十一五”国家重点专病—热证协作组成员单位。