南京市中医院呼吸科成立于建院初期，2006年7月1日正式独立成科，现有各级医护人员29人，市名中医1名，主任医师1名，副主任中医师1名，主治中医师3名，住院医师2名，其中硕士研究生1名，在读硕士研究生2名。

呼吸科设有门诊、病房、呼吸病研究室，拥有监护病房、呼吸机、肺功能机、纤维支气管镜及各种监护和抢救设备。科室现开放床位30张，年门诊量16000余人次，病房收治病人数500余人次。

本科室采用中西医结合方法治疗各种急、慢性呼吸系统疾病，拥有“咳嗽合剂、桑杏合剂、杏桔合剂、喘炎宁”等自制制剂，能够为病患提供全面、便捷、高效、经济的医疗服务。科室承担南京中医药大学、南京医科大学的理论及临床教学任务，进修医师的带教工作，长期开展市民健康讲座及电台健康知识宣教等活动。