儿童保健科是江苏省妇幼保健重点学科，南京医科大学儿科学硕士、博士学位授予点，江苏省预防医学会儿童保健专业委员会主委单位，江苏省儿童保健的技术指导中心,担负全省儿童保健专业人员的技术培训、儿童保健技术指导的任务。开设7个亚专科：其中儿童生长发育专科通过体格生长发育的测量和评价，筛查出生长发育偏离的儿童，提供个体化治疗，建立体格生长发育偏离儿童健康档案并长期随诊。儿童营养与喂养专科提供儿童营养与喂养指导，筛查儿童常见营养性疾病，进行评估及诊治。儿童心理行为专科提供儿童心理咨询和指导，开展儿童心理行为发育异常的筛查和康复指导，识别儿童心理行为问题并诊治。高危儿管理专科建立高危儿健康档案，定期评估、随诊。儿童康复专科制定个体化儿童康复方案，实施康复干‍‍预。儿童眼保健专科开展‍‍儿童早期视力筛查暨眼科常见病的诊治。儿童耳鼻喉专科开展了儿童听力筛查和诊断及相关疾病诊治。‍‍

‍‍科室现有医护人员19人，其中正高职称3人，副高职称1人，博导1人、硕导3人；省妇幼保健重点人才2人。儿童生长发育及儿童眼保健专科成为国家妇幼保健保健专科建设示范基地。“幼儿社会情绪性发展量表在儿童心理保健中的应用”获2015年江苏省妇幼保健引进新技术一等奖。