北京儿童医院新疆医院神经内科前身系新疆维吾尔自治区人民医院儿科神经专业组，在五十年的历程中，经过几代儿科神经专业医务工作者的奋斗，已建成了具有区域特色的小儿神经系统疾病诊治综合体系。自上世纪七十年代末，设立神经专科病房，疆内率先系统诊治脑性瘫痪和癫痫等疾病，除诊治全疆各地小儿神经疾病患儿外还吸引来自国内外患儿，近年来本学科在儿童癫痫临床与基础研究这一关键领域始终处于新疆的领先地位，在儿童癫痫的临床与电生理诊断、分型、病因诊断与药物治疗等方面开展了系统而深入的临床和应用研究，引领新疆该领域的发展方向。
在临床研究方面，率先在新疆建立以抗癫痫药物为主的儿科药物治疗监测体系，在国自然项目的带动下开展儿童癫痫个体化治疗，已取得重要阶段性成果；率先在西北地区建立视频脑电图检查中心拥有进口视频脑电图仪9台；在国内兄弟医院、科室和相关机构的帮助下，在疆内率先完善了神经遗传病的神经临床和分子遗传学等相结合的综合诊断体系和相对完整的神经遗传代谢病筛查、智力障碍等神经发育性疾病的标准化的诊断流程和技术平台，包括临床发育评估、神经影像、神经生化、神经病理以及细胞遗传学、分子遗传学诊断方法。
目前设有小儿神经内科病区、神经内科专家专病门诊和视频脑电监测中心，提供癫痫及发作性疾病、中枢神经系统感染、发育落后、脑性瘫痪、热性惊厥、神经系统脱髓鞘及免疫相关疾病、神经遗传代谢病等疾病的诊治。
科室是中华儿科学会、中国医师协会和中国抗癫痫协会等专业学术单位新疆委员和常委单位，两人拥有CAAE脑电图资格中级证书，也是中国罕见病联盟DMD/BMD学组单位。承担国自然1项和科研项目数项，目前发表SCI约10篇文章和和核心期刊文章数十篇。获自治区科技进步奖1项。
