消化内科创建于1998年，是集临床、教学、科研为一体的学科，现有医护人员27名，其中副主任医师6人，主治医师5人，研究生3人，内镜中心8人，为南京鼓楼医院、安徽省立医院消化内科协作科室，编制床位55张，内设内镜室、门诊、消化科病房。年住院2千余人，门诊就诊达2万人次，年胃肠镜1.5万多例，各种内镜下治疗500多例，接受无痛苦胃肠镜检查达9千多例。

消化内窥镜室环境优雅，设施先进，拥有国际领先的迈尔清洗消毒系统，麻醉呼吸机3台，内镜均为目前最先进的奥林巴斯系列，奥林巴斯高端内镜CV260电子胃肠镜及十二指肠镜两套，CV290电子胃肠镜系统两套，拥有集氩气及高频电治疗为一体的德国爱博刀一套，诊室拥有中心吸氧、中心吸引及多个监护仪，现可同时开展胃肠镜诊断和内镜下治疗3个诊室。

消化内科目前开展项目包括常规胃肠镜检查，无痛胃肠镜检查（本地率先开展），内镜下食管支架置入、狭窄扩张及异物取出术，食管、胃、结肠息肉及早期肿瘤切除术（EMR及ESD术），十二指肠肠镜（ERCP）内镜逆行胰胆管造影及支架置入、结石取出术，经口内镜下贲门括约肌切断术（POEM），门脉高压食管胃底静脉曲张内镜下组织胶，套扎及硬化剂治疗，内镜下内痔的治疗，小肠营养管置入术，急诊内镜止血术等。肝病检查方面开展了超声引导下的肝脏穿刺术，无创肝纤维化检查等。

该科对于抢救消化道大出血，肝性脑病，重症溃疡性结肠炎，急性胰腺炎等综合诊治能力突出。