中医科是总院建立最早的科室之一。淮南市一代代的著名老中医曾在此供职，为市中医事业和人民群众的健康做出了极大的贡献。该科现有临床医生9人，护士3人，开放床位20张，其中副主任中医师1人，主治中医师3人，中医师2人，医师1人，新进大学生2人。该科坚持走中医、中西医结合的道路，科室承担安徽理工大学、安徽中医学院临床教学工作，承担科研机构的临床科研任务，目前已经和安徽中医学院、江西中医学院、省立医院中医科初步建立合作关系。

基于综合性医院中医专业的特点，该科在规范西医诊疗的同时，充分发挥中医药“简、便、验、廉”的优势和特色。坚持临床和科研并重，促进中医、西医兼容并蓄，积极开展与相关西医科室的学术合作，更好地满足于人民群众的健康需求。该科坚持走中医、中西医结合的道路，是一个老中青结合、热爱中医、团结上进的集体。专业以中医内科、针灸为主，中医儿科、妇科、皮肤科颇具特色。专长于脾胃病、肝胆病、皮肤病、糖尿病、肾病、冠心病、肿瘤等内科疑难杂病的诊治以及妇科病的治疗。另外在养生保健、调理情志、美容调护、产后调养等方面也具独到之处。

在肿瘤治疗方面，坚持“中西医结合为主，”一方面，密切关注和学习肿瘤治疗的国际最新进展，另一方面充分发挥中医药的优势和特色，通过中药内服、外用、静脉注射、针灸等多途径、多手段综合治疗肿瘤。提高肿瘤患者对于手术、放疗、化疗的耐受程度、生存质量、生存年限。

糖尿病治疗方面，在有效控制血糖的基础上，针对糖尿病并发症，采用中西医结合的综合治疗手段，效果显著。

按照国家中医药管理局相关指示，积极开展“治未病”工作，努力构建中医特色预防保健服务体系。一方面，积极促进中医养生保健知识的普及，另一方面，对于慢性疾病，通过冬病夏治、冬病冬治、中西医结合的综合治疗，如穴位敷贴在治疗慢性呼吸系统疾病、各种关节疼痛等疾病中对症状改善和减少复发方面，具有独特优势。

此外，对于颈肩腰腿痛的针灸刺血治疗配合中药内服，取得理想的临床疗效。

针灸作为一种“内病外治”的治疗方法，以经络理论为依托，以针刺和艾灸为手段，以通经脉，调气血，使阴阳归于相对平衡为目的，使脏腑功能趋于调和，从而使人体恢复健康。

该科在继承传统针灸理论与技术的基础上，以新技术引进为重点，发扬针灸特色与优势，提高了疗效。针灸包括普通针刺、刺血、艾灸及拔罐。