扬州大学附属医院病理科建于1973年，是扬州地区最早成立的病理科，为江苏省级临床重点专科建设单位，国家级住院医师规范化培训基地。病理科每年接受二级及二级以上医疗机构病理医技人员的进修培训和医学院校学生的教学实习任务。病理科现为扬州市病理医疗质量控制中心，负责扬州地区的本专业医疗质量管理工作。科室现有工作人员20名，其中高级职称5名，中级职称8名，初级职称7名；其中博士4名，硕士7名，硕士生导师4名。

病理科拥有如罗氏全自动免疫组化仪、DAKO全自动免疫组化仪、荧光定量仪（PCR）、荧光染色体原位杂交仪及荧光显微镜、德国徕卡冰冻切片机、珊顿全自动封闭式脱水机、樱花全自动染色封片一体机、病理图文分析局域网络系统、多头显微镜、液基超薄细胞检测仪、DNA倍体定量分析仪、进口组织包埋机、玻片及蜡块打号机等先进的病理设备，能够满足并保证病理科的医疗质量和教学科研工作。

病理科经过四十余年的建设与发展，已具备自己的专科优势及技术特色。年度常规病理检查25000余例，术中冷冻快速切片检查每年2500余例，细胞学检查近15000例，免疫组化11000余项，能够满足临床和患者的诊疗需求。在长期大量的临床实践中，科室在细胞病理诊断、肿瘤常规病理、免疫组化及分子病理诊断等常规工作，及专科优势如液基薄层细胞学检测与诊断，宫颈细胞DNA倍体检测，细胞蜡块诊断，小标本快速石蜡切片诊断及分子病理诊断技术，承担了周边地区医疗机构病理指导及疑难病理会诊工作。