盐城妇幼保健院儿科是市级临床重点学科，拥有全市最先进的新生儿重症监护病房（NICU）。新生儿疾病的诊治水平及重症抢救技术处于全市领先地位。超微出生体重儿(呼吸衰竭、重度缺血缺氧性脑病、新生儿坏死性小肠结肠炎、重症肺炎、新生儿肺透明膜病等疾病的诊治技术达到国内先进水平。该科人才济济，技术力量雄厚，拥有一批全市知名的儿科专业技术人员，主任医师2名、副主任医师5名、主治医师3名，其中医学硕士2名，在读博士1名。

盐城妇幼保健院儿科率先在本市建立了危重新生儿转运系统，24小时接治新生儿病人,每年收治病人数在1000人次以上，早产儿抢救成功率达85%以上，抢救成功的早产儿胎龄最低的29周，体重最低的仅950克。该科还拥有进口呼吸机和心电监护仪、新生儿转运车、新生儿转运暖箱、微量血气分析仪、微量血电解质测定仪、脉氧仪、开放式远红外复温抢救台及新生儿保温培养箱等先进的专科医疗设备达30多台件。