上海交通大学医学院附属仁济医院胆胰外科创建于2013年10月，其前身为仁济医院普外科胆道专业组，中国著名外科学专家兰锡纯教授、邝耀麟教授、施维锦教授、王平治教授、张柏根教授、陈治平教授、吴志勇教授、曹晖教授等在此领域做出了杰出贡献，为胆胰外科的创建奠定了良好基础。目前胆胰外科是国家临床重点专科，上海胆道疾病会诊中心，上海交通大学医学院胆道疾病诊治中心，上海交通大学医学院胰腺疾病诊治中心成员单位，仁济医院的重点学科与特色学科，以及上海交通大学医学院胆道疾病研究所（仁济）、上海市胆道疾病研究中心（仁济）和上海市胆道疾病研究重点实验室（仁济）所在地。
胆胰外成立以来，年门诊量、出院人数、手术人数、重点病种和重点手术例数逐年上升，已经成熟开展各种胆胰超大型和复杂手术，如肝右三叶切除、半肝联合尾状叶切除、联合肝段切除的肝门胆管癌标准根治术、联合肝胰十二指肠切除术、十二指肠乳头肿瘤局部切除术、扩大胰十二指肠切除术、全胰腺切除术、保留十二指肠的胰头切除术、胰腺节段切除术、保留脾脏的胰体尾部切除术以及联合腹腔干切除的胰体肿瘤切除术等，每年胆胰肿瘤的治愈例数700余例。
胆胰外科还拥有国内一流的内镜和腔镜技术，利用腹腔镜、胆道镜和十二指肠镜对肝外胆道结石进行微创治疗；经皮经肝胆道穿刺(PTC)；逆行胰胆管造影(ERCP)；经皮经肝胆囊穿刺引流(PTGBD)；经窦道胆道介入治疗；单孔腹腔镜胆囊切除。另外，胆胰外科还开展腹腔镜/机器人下胰十二指肠切除术、胰体尾切除术、脾切除术、肝部分切除术和各类腹壁疝修补术等（如腹股沟疝、切口疝、造口旁疝等），微创手术量达到胆胰外科总手术量60%以上。
通过快速康复理念和日间手术相结合，遵循“快速、精准和微创”的理念，胆胰外科每年完成日间手术5000多例，其中腹腔镜胆囊切除、疝修补术以及ERCP量占日间手术总量80%以上。
胆胰外科现形成胆道肿瘤和胰腺肿瘤系列科研方向，在国际上率先成功构建胆囊癌动物和细胞模型和首次构建胆囊癌突变谱，以及在国际上首开胆囊癌靶向治疗的先河。同时建立了临床标本库和数据库，开展了三维可视化在胆道肿瘤围手术期的应用、胰腺全系膜切除的临床应用、晚期胰腺癌的转化治疗、困难肝切除的策略、肝内胆管癌肝门部淋巴结清扫的策略、胆囊癌根治性切除范围的研究以及胆结石的代谢成因研究等各项临床研究。建科以来，承担课题40余项，其中国家级25项，省部级9项；发表SCI论文75篇。
胆胰外科现有在编临床医师41人，其中高级职称19人，博士生导师1人，硕士生导师8人。
