苏州市中医医院肛肠科是江苏省“十二五”中医重点专科、苏州市重点专科。本科室创建于1955年，近半个多世纪来，治愈各种肛肠病患者数以万计，在苏州及周边地区具有很高的知名度。肛肠科现有病床47张，其业务量逐年提升，每年住院病人过千例，门诊病人一万余人次，是苏州市规模最大、技术力量最强，具有广泛影响的肛肠病特色专科。

本科室技术力量强大，为江苏省中西医结合学会肛肠分会副主任委员和苏州市中医学会肛肠专业委员会主任委员单位。目前有主任中医师2名、副主任中医师2名、主治医师4名、住院医师4名。利用中西医结合的优势，将多种先进的医疗手段及设备应用于临床，采用中医中药、中西药结合、手术及非手术疗法等各种治疗方法。在手术治疗方面，在传统的手术方法基础上，增加了保留括约肌肛瘘手术、P.P.H手术、超声引导下痔动脉结扎手术、便秘生物反馈疗法等新的治疗方法。

科室主要诊疗范围有：内痔、外痔、混合痔、肛裂、肛门狭窄、肛乳头肥大、肛周脓肿、肛瘘、结直肠息肉、溃疡性结肠炎、克罗恩病（crohn病）、肠易激综合征、慢性功能性便秘、结直肠肿瘤等各种肛肠疾病。本科室全年开设肛肠专科门诊，每周二、周四开设便秘专科门诊，每周三下午开设克罗恩病肛瘘专病门诊