病理科成立于1954年。1996年被评定为硕士学位授予学科，2000年被授予博士学位学科。是集医疗、教学、科研为一体的现代化、专业化、正规化的科室之一。

目前开展包括活检、尸检以及细胞学检测在内全部病理常规诊断项目。科室拥有国际一流的全套德国Leica病理技术设备，在国内较早开展了组织化学、免疫组织化学、电镜技术、液基薄层制片技术以及分子病理学诊断技术。特别是荧光原位杂交技术、液基薄层制片技术、恶性肿瘤耐药基因检测、分子靶向治疗病理诊断标志物的确定、基因重排检测技术以及克隆性分析技术。

现有教授2人，讲师2人，其中博士1人、硕士5人。1人曾留学美国UniversityofCalifornia，在病理诊断方面造诣颇深。1人曾留学德国癌症研究中心，在分子病理学，尤其是慢性乙型病毒性肝炎隐匿性感染的血清学早期检测和中西医结合治疗该病研究方面处于国际领先地位。科内共培养博士生、硕士生20余人。获德国癌症研究基金、Helmholtz国际合作专向基金各1项，承担国家自然科学基金3项，陕西省科技攻关课题2项。