昌吉州人民医院内分泌科是昌吉州治疗糖尿病、高血压病、甲状腺疾病、高尿酸血症、痛风、肥胖症等内分泌疾病的专业科室，科室有医师9名，其中高级职称3名、内分泌专业硕士研究生1名、在职研究生4名，护理人员11名。科室设有内分泌实验室、糖尿病足病工作室、运动治疗室、健康教育室，拥有世界一流的检测和治疗糖尿病的仪器。

昌吉州人民医院内分泌科拥有美国美敦力动态血糖监测系统（CGMS）、美国美敦力胰岛素泵、德国拜耳糖化血红蛋白仪、德国拜耳尿微量白蛋白测定仪、英国亨得利糖尿病足诊断箱等医疗设备。

昌吉州人民医院内分泌科诊疗特色：1、糖尿病及并发症；2、甲状腺疾病：甲亢、甲减、各种甲状腺炎、甲状腺结节等；3、高血压病及并发症；4、高尿酸血症、痛风；5、垂体、肾上腺疾病；6、肥胖症、血脂代谢紊乱等代谢性疾病。

近年来，内分泌科在昌吉州率先开展了胰岛素泵在糖尿病酮症酸中毒、高渗综合症、围手术期及1型糖尿病中的应用，成功地给1型糖尿病患者个人安装胰岛素泵；率先在全州开展了动态血糖监测系统（CGMS）在临床中的应用；2型糖尿病胰岛素短程强化治疗；率先在全州诊断儿童2型糖尿病、成人晚发型自身免疫性糖尿病（LADA），开展了糖尿病的眼底照相及造影。建立了糖尿病、高血压病人的完整资料库，每周四、五下午定期开展糖尿病人健康教育，每月底最后一个星期五开展大型糖尿病健康教育活动。成立了昌吉州糖尿病人协会，每年举办全州医师糖尿病内分泌继续教育学习班。2007年在全州成功开展糖尿病下肢动脉溶栓、球囊扩张及支架治疗，避免了患者下肢的截肢。