针灸康复科是卫生部国家临床重点专科、国家中医药管理局中医药重点学科、国家中医药管理局区域中医诊疗中心建设单位、中国民族医药学会康复分会主委单位、广东省建设中医药强省项目中医名科、广东省“十一五”中医重点专科、国家脑血管病康复示范基地、广东省中医名科、广州中医药大学博士硕士学位授予点、广东省“青年文明号”单位。科室目前设有13个病区526张病床，有占地面积达4000平方米四个独立的现代康复治疗中心、高压氧治疗室、传统康复治疗门诊部。科室技术力量雄厚，是目前国内规模最大、设备齐全、技术领先、口碑较好的中西医结合康复医学专科之一。科室设有病房、康复治疗区、传统治疗区、针灸门诊。

针灸康复一病区是广东省第二中医院的昏迷促醒中心，主要开展昏迷促醒、脑血管疾病（偏瘫）、颅脑外伤术后、脊髓损伤（截瘫、四肢瘫）、痹证（颈椎病、腰椎间盘突出症、膝关节炎、肩周炎、腱鞘炎、骨质增生、骨盆错位、脊柱炎等）、痿证、痴呆、眩晕、头痛、脑瘫、面瘫、蛇窜疮、耳鸣耳聋、亚健康、产后康复及各种手术后的的中西结合康复治疗。

针灸康复二区从总院选派王小寅、李敏主任等专家,现拥有一批年富力强、业务精湛的技术骨干。主要开展脑血管疾病（偏瘫）、昏迷患者促醒、颅脑外伤术后、脊髓损伤（截瘫、四肢瘫）、颈肩腰腿痛症等疾病的中西结合康复治疗。科室目前已形成了以中风病为优势病种，尤其针对中风病、颅脑外伤、脊髓损伤后肢体功能障碍、吞咽功能、语言功能障碍等难点有较深入研究；形成了以分期针刺疗法、回阳醒神促醒技术、靶向定位技术治疗中风后吞咽障碍、分期针刺疗法治疗中风后偏瘫、“调气通络”穴位埋线治疗中风后肥胖、睡眠障碍，鼻吸药氧头皮针疗法治疗中风后痴呆、言语功能障碍，针刀疗法、浮针疗法配合中药涂擦熏药外洗治疗中风后肩手综合症等特色疗法，配合针对性的康复训练，最大限度地减小了残疾程度，减轻患者痛苦，提高了患者的生活质量。在脊柱病、骨关节病方面，主攻方向为“中医药防治退行性骨关节病（骨关节术后、退行性骨关节病、颈椎病、腰椎病），采用针刀疗法、浮针疗法治疗急性疼痛，中医传统疗法配合现代功能训练改善关节功能。