针灸科是国家中医药管理局“十三五”重点专科、重庆市中医重点专科、西部特色专科，重庆医科大学硕士研究生培养点、湖北中医药大学针刀培训基地、中华针刀医学会针刀示范基地、德国医用三氧医学临床培训示范基地，重庆市针灸学会经筋诊治专委会主任委员单位，科室现有重庆市名中医、永川名中医各1名，针灸推拿学硕士研究生导师1名，中国知名针刀专家、全国第六批师带徒指导老师各1名、主任中医师（教授）2名，副主任中医师（副教授）2名，返聘专家1名，主治中医师3名、中医师3名，康复医师2名，副主任护师1名，主管护师1名，护师6人，护士5人。其中中医专科护士1人、康复专科护士1人、疼痛专科护士1人。科室专科特色突出，擅长运用针灸、针刀、推拿整脊、康复理疗、内外药物、大针、原极针、言氏脑针、液波透骨、液体刀、拨针、松筋针、松骨针、超微针刀、圆利针、银质针、穴位埋线、三伏贴、三九贴、中药养生茶、驱蚊/安神香囊、安神枕、中医食疗方、射频、臭氧、神经阻滞、激光等治疗颈椎病、肩周炎、腰椎间盘突出症、膝关节骨性关节炎、中风偏瘫、面瘫、股骨头坏死、老年病、肥胖症、高血压、高血脂、痛风等骨伤科、疼痛科、风湿科、老年科、内外妇儿五官科疾病及亚健康、养生。科室科研教学水平较高，目前完成厅局级及以上科研课题5项，获奖3次，学术水平在同行业中遥遥领先，主编、副主编大学教材及专著10余部，发表论文100余篇。院内制剂：肩舒胶囊、秦艽合剂、消骨散。