1987年11月，卫生部批准华西医科大学附属第一医院下属的妇产科和儿科整体迁出，成立华西医科大学附属第二医院。2000年9月，华西医科大学与四川大学合并，科室更名为“四川大学华西第二医院儿童保健科”，设立于医院南楼门诊二楼。

儿童保健科是全国首批儿童保健科室，创建至今已有近三十年。经过多年的辛勤耕耘，已经发展为以预防为主，辅以治疗的综合性科室。专业范围全面涵盖体格发育、神经心理发育、发育儿科学及相互交叉的新生儿、内分泌、神经等各个方面，成为儿科医学里一个独特又十分重要的专业学科。本科设有儿童系统保健门诊和儿童保健专家门诊，主要服务内容如下：

（1）儿童系统保健门诊：儿童系统保健门诊提供从出生至七岁儿童的定期保健及监测，服务内容包括定期健康体检、一对一的营养指导、生长发育监测、评价及干预、听力筛查、视力筛查、营养分析、发育筛查、智力测定、气质分析、行为及注意力测试及相关心理行为评估等。通过日常的儿童保健内容对儿童的生长发育进行动态监测，并将所有档案进行计算机软件管理。可通过对儿童生长连续的监测来判断儿童的生长是否沿着自己的“轨道”发展，并能及时发现儿童生长发育过程中出现的问题，如喂养困难、生长发育偏离等，从而针对性地进行早期预防、早期干预和早期治疗。本科还开展入托体检、入学体检等项目。

（2）儿童保健专家门诊：专家门诊重点是对各种营养性疾病（如营养不良、肥胖等），发育迟缓（如运动发育落后、语言发育迟缓、精神发育迟滞等），生长偏离（如矮身材、生长过速等），性发育异常（如性早熟、性发育延迟、两性畸形等），心理行为异常（如注意力缺陷多动障碍、自闭症、学习困难、情绪障碍、睡眠障碍等）等各种生长发育相关疾病以及遗传代谢性疾病（如甲状腺功能低下、苯丙酮尿症、染色体病等）的早期诊治。

目前儿童保健科是由名老专家、知名教授、副教授、主治医师组成的一支老中青结合的学术团队。全科现有在职医生9名，护士5名，全体医师均已获得硕士以上学位，副教授级以上职称人员占医师总人数的50％。20多年来在几代医师的共同努力下，儿童保健科形成了敢于拼搏、勇于创新、热心儿科医学事业的集体，在对保障儿童身心健康发展，纠正儿童体格发育偏离，指导科学喂养，诊治各种营养相关性疾病、神经心理行为发育性疾病等方面作出了显著的成绩。