重庆医科大学附属第二医院消化内科是重庆市首批重点学科，硕士、博士学位授予点，国家药物临床试验机构消化专业组、重庆市胃肠道动力障碍性疾病研究中心、重庆市消化内科医疗质量控制中心，重庆市肝病治疗中心核心科室。集医疗、教学、科研为一体，技术力量雄厚，拥有1支学术造诣高的以中青年为主体的骨干队伍。医生17名，其中教授4人，副教授5人，全部具有研究生学位，博士占76.5%。有重庆市第二批学术技术带头人1名，博士导师2名、硕士导师9名，先后有6名医生赴美、英、加、德、澳等国研修学习。消化内科拥有中华医学会消化内镜分会及中华医学会消化分会青年委员各1名；中国中西医结合学会消化专委会常务委员，重庆市中西医结合学会常务理事，重庆市中西医结合消化专委会主任委员1人；中华医学会重庆分会内镜专委会副主任委员1人及消化专委会副主任委员1人；重庆市高级专业技术职务资格评审委员会委员2人；重庆市医院等级评审专家2人。多名教授担任《中华内镜杂志》、《中华肝脏病杂志》、《世界华人消化杂志》、《临床肝胆病杂志》、《重庆医科大学学报》、《重庆医学》等杂志的编委。近3年获得国家自然科学基金6项，重庆市卫生局重大课题2项，重庆市科委、教委和卫生局课题13项，发表学术论著近100篇，其中SCI期刊13篇。招收硕士研究生60余名，博士研究生14名。住院部开放病床60张，病房配备有腹部B超室、胃镜、超声胃镜室、腹水浓缩回输室、胶囊内镜检查室。拥有经验丰富、技术精湛的三级医疗队伍及训练有素的护理队伍，能胜任消化内科各种疾病的诊疗及护理工作。年出院2000余人次，治愈好转率超过95%。门诊部开设消化内科专科门诊、脂肪肝和肝硬化专科门诊，配备消化科内镜中心、胃肠动力检查室、生物反馈治疗室。由具有丰富临床及内镜操作经验的专家进行治疗。年门诊3万余人次，年内镜诊疗2万余人次，诊疗技术居重庆市领先水平。先后举办重庆市消化年会、第九届全国胃病大会暨第十五届西南五省市消化年会，使消化内科在西部地区的学术影响力得到极大的提升。

消化内科拥有各种先进的诊疗设施，包括日本PENTAX和OLYMPUS公司最先进的电子胃肠镜、PENTAX公司先进的超声内镜系统、配有最完善的内镜消毒设备及监控程序，德国ERBED氩气刀等辅助治疗设备，美国GE公司的腹部B超机，OMOM胶囊内镜，瑞典Medtronic公司的便携式24小时胃食管pH监测仪，食管、肛管直肠括约肌测压仪和生物反馈治疗仪等。目前开展项目有无痛胃肠镜检查及治疗、胃肠镜下息肉切除术、超声内镜检查、食管狭窄扩张及支架安置、肝硬化食管静脉曲张的套扎治疗、肝硬化干细胞移植术、肝癌介入治疗、急诊及术中内镜检查、胃肠动力学检查及生物反馈治疗便秘、胶囊内镜检查等。其中内镜下检查及治疗为该科特色，尤其是肝硬化食管曲张静脉套扎术、肝硬化干细胞移植术、肝癌介入治疗、内镜下息肉切除术等，该科内镜诊疗水平在重庆市处于领先地位。