广东省第二人民医院药剂科是集药品管理、科研教学为一体的综合性学科。现有职工47人，其中编制主任药师1人、副主任药师2人，主管药师8人，药师28人。药剂科下设临床药学室、资料室（微机室）、门诊西药房、门诊中药房、住院部药房、急诊值班药房、药库等7个部门。

药剂科近几年来完成了《红棉藤可吸收止血纱布的研究》、《清君饮的研制及临床应用的实验研究》、《利福平透皮吸收的应用研究》、《医疗法定单位与习用单位坐标法互换的应用研究》、《胃灵片的研制与临床应用研究》等6项科研成果，达到国内领先水平；承担广东省自然科学基金项目两项。在国家级、省级学术刊物上发表论文100余篇；定期编辑出版《药学简讯》,制定了较完整的《药剂科工作管理规范》。每年药剂科还承担大中专学生及药学院本科生的实习及带教工作。

多年被评为"医院管理先进单位"，2003年在抗击非典的战斗中，一人荣立二等功、四人荣立三等功，五人获得先进个人，2004年3月药剂科获得广州市海珠区“巾帼文明先进单位”。