胃肠外科成立于2010年8月，并于2016年12月增加疝外科专业，现为国家普通外科重点学科的组成部分、硕士学位、博士学位授权学科及博士后流动站。现有编制床位50张，医护人员33名，其中教授3名、副教授2名、中级职称4人；博士生导师1人，硕士生导师2人。年门急诊量12000余人，年平均住院人数2400人次。

科室秉承着“以病人为本”的理念，充分利用本专业的学术力量，积极开展胃肿瘤、大肠癌以及疝与腹壁疾病的诊断和治疗，独具特色。规范化的开展了根治性结肠癌根治术、直肠癌全系膜切除、低位直肠癌保留肛门手术、保存植物神经的直肠癌切除术、结直肠癌肝转移的规范化治疗、各种胃癌根治性手术以及无张力疝修补手术。

科室开展了胰腺癌的规范化手术，创造了连续35例胰十二指肠切除术无死亡患者的奇迹。以及各型胰腺炎的个体化治疗。针对胰腺良性疾病或低度恶性肿瘤开展了多种保留器官功能的胰腺手术。

近进来年，科室积极开展腹腔镜微创技术，开展腹腔镜下疝修补术、腹腔镜下的结直肠癌手术、慢传输便秘的手术治疗，举得了骄人的成绩。同时，科室在普通外科其他常见病的诊治方面，也取得了令人瞩目的成绩。熟练、规范的开展颈廓清、肝门部胆管癌（合并半肝、尾状叶、门静脉）切除术，肝胆管结石规则性肝段等高难手术。