南京总医院消化内科是一个具有60多年历史，集医疗、教学和科研为一体的综合性临床科室。创建于1946年，学科创始人为消化界著名前辈陈庭刚副院长，以后陈邦模、王年吉、朱人敏等先后担任本科主任。消化内科现为南京军区消化病中心，全国临床药理基地及全军临床药理基地。南京大学医学院硕士研究生和博士研究生招生学科，南京中医药大学联合培养博士研究生学科以及南京总医院博士后流动站消化专业。

科室技术力量雄厚，拥有临床经验十分丰富高级职称人员8名和在消化内科基础与临床上颇有建树的医学博士6名、硕士8名。仪器设备先进，配置了电子胃镜、电子大肠镜、电子十二指肠、超声内镜、胶囊内镜、C13呼气监测仪、24小时pH监测仪、人工肝支持系统和腹水浓缩回输机等各类消化内科检查治疗设备。对各类消化系统疾病的诊治积累了丰富的临床经验，其中内镜下粘膜切除术（EMR）开展10多年，并于2007年起开展内镜粘膜下层剥离术（ESD），使近千名患者免去外科手术的痛苦。肝硬化的并发症诊断和治疗方面取得了很大的成绩，如内镜下食管曲张静脉套扎术和组织胶注射，吸引了来自各地的患者。食管狭窄的支架治疗解决了患者的病痛，改善患者生活质量。内镜下逆行胰胆管造影（ERCP），超声内镜（EUS）及有关内镜治疗均达到国内先进水平。

科室长期致力于以（1）消化道肿瘤（胃癌、大肠癌等）发病的分子病理机制和内镜筛查及早期诊治；（2）慢性非特异性溃疡性结肠炎的实验和临床研究为主攻方向的科研工作，近年来取得多项省部级重点课题、科研成果和国家发明专利等。常年在读硕士、博士研究生和博士后研究人员10余人，为科室建设和学科发展增添新的活力。