上海市男科学研究所的工作始于20世纪60年代，是我国最早开展男科工作的临床机构之一。经过几代专家教授的共同努力，于2001年12月由上海市卫生局正式批准成立上海市男科学研究所，同年批准设立了SFDA药物临床研究基地；2007年成为上海仁济医院第三期特色学科（专业）；2008年起正式成为教育部211工程建设重点学科（泌尿男科）；2012年获得卫生部重点专科在建（男科是重点建设的两个方向之一）。
【全新打造】正是由于仁济医院男科/上海市男科学研究所在过去十多年中临床与科研工作量的猛增，且始终处于上海市乃至国内男科领域的领导地位。医院领导对此也极为重视，在寸土寸金的南京东路外滩黄金地段，给予1500余平米进行第三次扩建，形成上海市乃至全国范围罕见的男科基地。通过一整层楼面将男科临床规范化诊疗、实验室规范化检测、男科专用手术室、性功能检测、性功能治疗/性感集中训练、性医学健康教育以及手术技能演示/培训等融合为一体，另有半个楼面专门进行科学研究工作。形成集男科疾病临床诊疗与科研于一体的全新男科临床基地。
现拥有一本国家级生物医学类专业核心期刊《中国男科学杂志》、两个男科中心（前列腺疾病研究信息交流中心和仁济-杨森男科研究培训中心）、一个医师协会授权的男科专业医师培训基地。同时，联合仁济医院生殖医学科共同构建了上海交通大学医学院不孕不育专病诊治中心、上海市辅助生殖与优生重点实验室以及国家辅助生殖与优生工程技术研究中心—上海分中心。
【诊疗特色】男科疾病临床诊疗规范化程度位居国内领先水平，2012年负责编写《中华医学会男性不育诊疗指南（2013版）》，尤其是无精子症规范化诊疗流程，受到国际同行的关注。其他诊疗特色包括男性勃起功能障碍的早期诊治、早泄的规范化诊疗、不射精症的特色治疗、阴茎发育异常（包茎、隐匿阴茎、阴茎弯曲等）、中老年男性激素分泌异常、前列腺疾病、青春期发育迟滞、夫妻性健康教育、青少年生殖健康指导等。
每周一至周五全天开设普通门诊，另有专家门诊及特需门诊。常规开展包括显微取精术、显微外科精索静脉结扎术、显微外科输精管道重建术、精囊镜探查术、包皮整形术、阴茎假体植入术以及尿道下裂修复等在内的所有男科手术。
【实验室检测】仁济医院男科实验室以精液检测为特色，目前除常规检测外，所有世界卫生组织（WHO）推荐的精液/血液检测项目均可开展，形成完善的生育力检测评估体系。扩建后，已建立具有自动化取精及视频播放功能的全新取精室。此外，常规开展全系列男性性功能检测，包括AVSS、阴茎血流多普勒检测、NPT勃起监测等。
地点：上海市山东中路145号（福州路口）仁济医院（西院）五号楼4楼
