商丘市中医院外科集普外、胸外、脑外、泌尿外、肿瘤外科为一体的综合性科室，科室腔镜微创手术在我市居于领先地位。能开展各种外科和介入手术，如腔镜肥胖症减肥术、2型糖尿病手术、腹腔镜保胆取石、腹腔镜胆囊、阑尾切除、腹腔镜疝修补、静脉曲张激光微创治疗术、经皮肾镜取石术、微创甲状腺肿瘤手术、结肠切除术、脾切除术、乳腺肿瘤的外科治疗、胸腹腔镜下胃癌、肺癌、食管癌、肝癌、直肠癌、肺大泡、气胸、胸腔镜下纵膈肿瘤切除术、。腔镜下甲状腺腺瘤切除术、经腹腔镜辅助甲状腺癌切除术、胃肠吻合术、肝囊肿开窗引流术、消化道穿孔修补术、脑瘤及颅脑损伤的外科治疗具有较高的水平。烧伤，疤痕整复，皮辨移植等。

商丘市中医院外科泌尿外科组，现拥有国内先进的泌尿外科大型设备数套：高清摄像设备、腹腔镜、等离子膀胱电切镜、膀胱镜、输尿管镜、输尿管软镜、肾镜、能量输送平台、气压弹道碎石系统、体外冲击波碎石机等。常规开展泌尿外科疾病诊疗：泌尿系结石、泌尿系肿瘤规范化诊疗，前列腺增生、泌尿系先天畸形、女性压力性尿失禁、男科疾病。开展各类泌尿外科常规手术：输尿管镜碎石取石术手术，经皮肾镜碎石取石术、膀胱镜碎石取石术、腹腔镜肾根治性切除术、肾部分切除术、等离子膀胱肿瘤电切术、前列腺电切术、腹腔镜前列腺根治性切除术、腹腔镜膀胱根治性切除术等。同时开展体外冲击波碎石治疗、中西医结合治疗泌尿外科系统疾病等。