肝胆外科细分为：腹腔镜科、内镜科、胆道二科、肝外一科、肝外二科、肝外三科、肝外四科、肝外五科、肝外六科、内镜科其介绍如下：

上海东方肝胆医院腹腔镜科成立于2000年11月。现有医护人员23人。其中主任医师2名、副主任医师1名、主治医师2名、住院医师3名、主管护师1名、护师4名、护士10名。开展床位43张，年手术量800例左右。

上海东方肝胆医院腹腔镜科以复杂胆道外科疾病、腹腔镜治疗胆道疾病以及胃肠道肿瘤肝转移疾病治疗为特色。两次被学校评为："基层建设先进单位"；两次被学校及医院评为"先进党支部"，科室成员荣获个人三等功二人、优秀共产党员二人。现承担国家自然科学基金4项、国家科技重大专项子课题1项、上海市自然科学基金一项、医院护理基金一项，发表论文六十余篇。

胆道结石的内镜处理急性胆源性胰腺炎的内镜治疗急性化脓性胆管炎的内镜治疗梗性胰腺炎（胰性腹痛、胰源性腹泻）的内镜治疗梗阻性黄疸的内镜治疗胆胰、肝炎病的内镜治疗上消化道内镜的诊断及治疗大肠镜诊断与治疗超声内镜的诊断与治疗胰管镜、胆管镜的临床应用。

上海东方肝胆医院胆道二科是在吴孟超院士的关怀指导下，由钱光相教授创建于1992年。2011年医院科室重新布局后，由张永杰教授担任本科室主任。现有医护人员27人。其中高级职称3人，中级职称3人，初级职称5人，副主任护师1人，护师5人，护士10人。开展床位43张。

上海东方肝胆医院胆道二科主要从事肝胆胰及普通外科疾病的外科诊治及研究。尤其在胆囊癌、肝门部胆管癌及壶腹周围癌根治性手术治疗，肝胆管结石、损伤性高位胆道狭窄、先天性胆管囊肿及多次术后病情复发的再次手术治疗等方面形成了鲜明的特色和优势，总体疗效国内领先。科室每年完成的手术数量均位居全院手术科室的前列，其中高难度手术占70%以上，本科室医教研并重，曾获上海市科技进步二等奖各1项、上海市医学科技三等奖2项，发表SCI论文6篇和专利2项。

上海东方肝胆医院肝外一科现有床位42张，监护室病房1间，每年收治各类肝胆胰脾疾病患者650余人次，其中手术患者近400例次。科主任严以群，医学博士、主任医师、教授、博士生导师，国际移植学会会员和澳大利亚-新西兰移植学会会员，擅长临床肝移植及肝胆疾病的外科治疗，特别是第一、第二、第三肝门的巨大肝癌、尾状叶肝癌、高位肝门胆管癌的手术切除以及肝叶、肝段切除治疗肝内胆管结石等，曾任澳大利亚国家肝移植中心、澳大利亚悉尼RoyalPrinceAlfred医院注册移植医师3年，完成临床肝移植60余例。95年在国内首先建立大鼠减体积性肝移植模型，其方法现已被广泛引用。97年开始与悉尼大学Centenary研究所合作进行移植免疫耐受的研究，研究结果形成论文10余篇，先后发表在《JournalofImmunology》《Immunology》和《Transplantation》等国际重要杂志。科室近年来共发表论文近60篇，参编专著12部，获国家科技进步二等奖1项。科室在开展常规肝胆胰脾外科手术的基础上，可完成以下高难度的手术：肝移植手术、右三叶肝切除、左三叶肝切除、尾状叶肿瘤切除、中肝叶肿瘤切除、肝门胆管癌切除术、胆囊癌根治术、胰十二指肠切除术、复杂的肝胆管结石手术以及肝癌术后复发再切除、多次胆道术后再手术等。在国内首先开展术前无水酒精瘤内注射预防术后肿瘤复发，效果显著，直径<5cm的肝癌术后3年复发率仅27%。目前正在开展的新技术有肝胆肿瘤体内伽玛刀治疗的临床研究。

上海东方肝胆医院肝外二科组建于1996年，展开床位42张。科室现有主任医师、教授1名；副主任医师、副教授2名，主任医师、住院医师多名，并拥有一支训练有素的护理队伍。本科已形成以肝胆外科疾病为主，兼治胰脾外科疾病的医疗特色，能够开展各类肝胆外科手术以及胰十二指肠切除、门脉高压断流手术。长期以来在肝癌的外科治疗方面积累了大量病例的临床经验，尤其擅长巨大肝癌、特殊部位肝癌及肝癌合并下腔静脉癌栓的手术治疗。获上海市医疗成果一等奖一项。全科医疗护理工作严谨有序，竭诚为广大病员提供一流医疗服务。

上海东方肝胆医院肝外三科现有高级职称5人，其中主任医师、教授、博士生导师2人，副主任医师、副教授3人，人才梯度合理，医疗护理技术力量雄厚。本科主治各种肝胆系统外科疾病，尤其在肝癌的外科治疗方面形成鲜明的特色和优势，对第二第三门部巨大肝癌、中央型巨大肝癌、尾状叶肝癌以及合并腔静脉癌栓的肝癌等复杂、难治性肝癌的外科手术治疗积累了大量的临床经验，取得了良好的疗效，提高了肝癌的手术切除率和术后生存率。还相继开展了原发性肝癌术后复发的外科治疗、晚期肝癌的外科综合治疗、肝脏移植等临床科研工作，成果先后获得上海市临床医疗成果一等奖，并有一人获首批上海市“医苑新星”称号，一人入选2003年上海市青年科技启明星计划。

上海东方肝胆医院肝外四科现有医护人员33名，其中教授2名，副教授3名，主治医师5名，住院医师3名，护士16人。开展床位43张，科室以肝胆脾胰疾病的外科诊治为特色，主攻复杂疑难肝癌、合并门脉癌栓的肝癌、、肝癌合并门脉高压症、壶腹周围癌、肝门部胆管癌、胆囊癌、肝内外胆管结石的复杂手术治疗为方向。尤其擅长同时开展了一系列的肝癌抗复发综合治疗措施如靶向治疗、免疫治疗、小剂量口服化疗、抗病毒治疗等，对肝癌的各种综合治疗提出了更为优化的治疗措施。年收治病人约1200人次，开展各类手术700余台。连续11年被评为先进基层单位或校优秀党支部，荣立集体三等功一次、个人三等功5人次。

肝外五科展开床位43张，现有主任医师、教授2名，副教授、副主任医师1名，主治医师、讲师3名，主管护师1名，其中博士学位5名，硕士学位2名。主要业务包括原发性肝癌、胆道系统肿瘤等肝胆系统良、恶性外科疾病的诊断和手术治疗，在肝脏移植、复杂肝胆肿瘤手术治疗、复杂的肝胆管结石手术等方面积累了大量的临床经验，尤其在原发性肝癌的外科治疗及肝脏移植方面形成了鲜明的特色和优势，年均完成各类肝切除手术600余例，累计完成包括成人-成人、成人-小儿活体供肝肝移植在内的肝脏移植手术300余例。

上海东方肝胆医院肝外六科主要从事肝脏肿瘤的外科诊治及研究。拥有2个正高、1个副高和医生、护士组成的优质医护团队。以肝癌外科综合治疗、门静脉癌栓个体化治疗和肝巨大血管瘤的手术治疗为特色，疗效居国内外领先。禀承"少花钱，治好病"和"病人利益第一"理念，为病人提供温馨、一流的服务。科室医教研走在全院前列，曾获国家科技进步一等奖和上海市科技进步二等奖等，发表Hepatology等SCI重要论文和专利多项。4次被评为医院"基层建设先进单位"。