该院器官移植中心于2003年初由泌尿外科肾移植组与普通外科肝移植组合并而成，中心的肾移植开始于1978年6月，在贺宗理、何长民及闵志廉等老一代教授的关心下，经30多年的实践，肾移植技术在国内始终保持领先地位，截止2014年底，累计完成各类肾移植手术4500余例，其中小儿肾移植数量国内第一，活体肾移植数量每年保持在30-50例次。中心的肝移植开始于1996年5月，在徐冠南、徐学俊等老一代教授的指导下，经20多年的发展，肝移植技术在国内达到先进水平，至2014年底，累计完成各类肝移植手术1300例，其中第一例肝移植受者已健康存活19年，为国内公认肝移植术后存活最长记录保持者。2003年先后批准为硕士、博士学位授权学科。
科室状况：目前开设床位120张，有各类人员60余名，其中高级职务15名。设有肝移植、肾移植、肝胆外科门诊、病房、器官移植科康复病房。设有组织配型、药物浓度监测、器官保存、动物实验、移植免疫和移植病理等6个实验室。
教学培养：器官移植研究所除完成本科、大专临床教学任务外，平均每年培养博硕士研究生6名。独具特色的器官移植研究、手术治疗和人才培养基地。
历届主任：历任主任：朱有华(2003~2006)、傅志仁(2006~2014)、丁国善(2015~)。
历任副主任：傅志仁(2003~2006)、丁国善(2006~2014)、王立明(2006~2014)、施晓敏（2015~）、韩澍（2016~）
医疗特色：器官移植研究所在成人肝移植、成人肾移植、小儿肝移植、小儿肾移植、活体肝移植、活体肾移植、肝肾联合移植、胰肾联合移植等领域均有较快的发展。中心研制的肾脏保存液、多器官保存液经过国内95%的单位20多年的使用，证明为国产器官保存液的杰出代表。目前中心平均每年获得国自然、科技、上海市科委等课题基金10余项、累计金额300万元，平均每年发表SCI论文10余篇，中心先后获得国家科技进步二等奖一次、医疗成果一等奖一次、医疗成果二等奖二次，获得国家专利授权5项。研究所现为国家重点学科、全国器官移植委员会副主任委员单位、中国免疫学会移植免疫分会副主任委员单位。
