中国医学科学院肿瘤医院深圳医院内镜科是集内镜检查、诊断、治疗、科研、教学为一体的独立临床医技科室，科室占地面积1600㎡，环境优雅，配备国际上最新型号内镜。科室现有全职医务人员14名，北京总院专家定期坐诊。

内镜下黏膜下肿瘤挖除术（ESE）、内镜下隧道肿瘤切除术（STER）、内镜下止血、内镜下异物取出术，内镜下胃肠营养管置入术、内镜下肠梗阻组套置入术、内镜下扩张术、内镜下消化道支架置入术、内镜下气道支架置入术、超声内镜引导下经支气管针吸活检（EBUS-TBNA）、内镜下氩离子凝固术（APC）、内镜下肺泡灌洗术、内镜下气道肿物切除术等治疗。