病理科创建于1988年，经过26年的建设，依照2009年卫生部印发的《病理科建设与管理指南（试行）》的相关规定，目前已发展成为设备先进、技术优良、能满足临床需要的数字化管理的重要学科。
病理科于2014年10月20日整体正式搬迁至沙湾院区4号后勤楼3楼，总面积约326m2，何贤医院本部保留冰冻室（约40m2）、标本接收及报告发放窗口（5m2），按三级甲等妇幼医院病理科建设要求，设置有现代化组织学诊断室、疑难病例讨论和集体阅片室、取材室、包埋室、切片室、染色室、免疫组化室、档案室、医生值班室等。
现有医师5名，技术员5名，文员1名，其中高级职称1名，中级职称2名，研究生学历3名，本科学历2人；2011年底，借力医院成为南方医院非直属附属医院的契机，与南方医院病理科建立密切合作关系，根据协议，每天均有南方医病理科高级职称医师来科指导工作，每天疑难病例也迅速送至南方医院病理科会诊，免除病人来回奔波会诊之苦，更快捷方便服务病人。
病理科2014年年检量：组织学活检8409例，细胞学8656例。同时配合医院产前诊断中心免费开展胎儿尸体解剖工作、承担周边下级医院冰冻检查及区两癌筛查项目、协助广东省“先天性心脏病宫内早期诊断和流行病学调查研究”。
