内蒙古自治区中医医院肛肠科创建于1962年，现为国家中医药管理局重点专科、卫生部国家临床重点专科、国家中医药管理局中医药重点学科、自治区临床医学重点学科，自治区中医药学会肛肠专业委员会主任委员单位。肛肠科现分为肛肠一科、肛肠二科，肛肠一科现有医护人员22名，主任医师2名，副主任医师2名，其中国家级名老中医1名，自治区“草原英才”1名，硕士生导师1名，具有硕士学位3名，护理人员10余名；开放床位42张。肛肠二科现有医护人员20名，主任医师3名，副主任医师1名，住院医师2名，其中内蒙古名医1名，国家级名老中医继承人1名，具有硕士学位5名，护理人员10余名；开放床位40张。
学科建设坚持“立足专业、服务于民、疗效第一”的宗旨，坚持结、直肠疾病与肛门部疾病相结合、良性疾病与恶性疾病相结合、诊断与治疗相结合、临床与科研相结合的指导方针，逐渐形成了自己的特色和优势。科室开展的主要项目有：
（一）微创治疗环形混合痔、PPH术、复杂性肛瘘、肛裂、肛周脓肿、直、结肠息肉、肿瘤，直肠肛门狭窄、骶尾部肿瘤和窦、直肠脱垂、肛门失禁、肛周皮肤病等肛肠疾病；
（二）高难度手术：重度肛门狭窄的“Y—V”成形术，会阴体缺如合并完全性肛门失禁修复术、肛周大汗腺炎合并高位复发杂性肛瘘、重度直肠脱垂、先天性肛门畸形等难度较高的手术；
（三）中、西医结合治疗溃疡性结肠炎、便秘、结肠急惹综合症、克隆氏病等疾病；
（四）术后镇痛技术、挂线术、注射术；（五）穴位埋线、耳穴压豆、红外线理疗、灌肠技术；（六）开展了排粪造影、大肠传输试验、肛管压力检测、碘油造影、腔内超声、盆底生物反馈治疗等专科诊疗项目；
（七）专科制剂：痔科I、Ⅱ、Ⅲ号洗剂，黄连膏、消肿膏、生肌膏、红粉纱条、麻仁滋脾丸等。
科室配备电子纤维结肠镜、腔内B超、肛肠压力检测仪、电脑肛肠综合治疗仪、大肠水疗仪、肛肠射频微波治疗仪、电脑肛肠熏洗治疗仪、进口多功能监护仪、高频电刀等专科仪器设备。
已结题自治区科技厅自然基金课题“耻骨直肠肌综合征改良手术方法的探讨”、“肛瘘发病机理研究”。
现承担自治区科技厅自然基金课题2项，“外剥内注皮桥整形术治疗环状混合痔的临床研究”、“肛周脓肿托法的临床研究”；自治区卫生厅I类课题2项，“环形混合痔外剥内荷包术的临床研究”、“健脾理肠汤加中药灌肠治疗溃疡性结肠炎抗炎、修复、免疫调节的作用机理”。
