该院消化内科系浙江省县级龙头学科、舟山市卫生局医学重点扶植学科和院重点学科，现有主任医师一名，副主任医师三名，主治医师三名，住院医师二名，常规诊治消化道出血、消化道息肉、急慢性胃炎、胃、十二指肠溃疡、肝脏疾病、急慢性胆囊炎、肠结核和结核性腹膜炎、溃疡性结肠炎、克罗恩病、急慢性胰腺炎、功能性胃肠病、慢性便秘等消化系统疾病。常规开展胃、结肠镜检查、微探头超声胃镜检查及消化道息肉摘除术、急诊内镜下止血、消化道异物取出、食道静脉曲张硬化治疗术、内镜下粘膜切除（EMR）、内镜粘膜下剥离术（ESD）等。其中消化道癌的早诊率、内镜下止血成功率、门脉高压性上消化道出血抢救成功率较高是科室的特色，拟开展内镜下逆行胰胆管造影（ERCP）胆管取石术、胆、胰、食管、肠道支架置放术（人员培训及仪器设备已到位）年门诊工作量近万人次，住院病人800人次，内镜诊疗6000多例。

现有OLYMPUSCV-260SL主机一台，配备H260胃镜一条，Q260J胃镜一条，十二指肠侧视镜一条。FUJINON4400主机二台，配备450胃镜三条，450经鼻胃镜一条，全结肠镜二条。ERBEVIO200D高频电外科系统一套，附带ERBEAPC氩离子体凝固器以及各种圈套器、止血探头、热活检钳、异物钳、内镜剪刀、注射针、球囊扩张器、乳头切开刀、粘膜剥离刀、造影导管、导丝、碎石器、取石篮、支架、支架放送器等多种内镜治疗用附件和一次性治疗用品；配有内镜清洗设备2套。另有FUJINONSP720内镜用超声诊断设备一套（微探头超声诊断）；C14呼气试验检测仪一台。

2013年年底，国家医改重大专项2013-2014年度癌症早诊早治（上消化道癌早诊早治）项目落户该院，全省共有五个县开展此项工作，而该院将承担其中1200个病人的普查，并且按要求要于2014年6月底完成内镜筛查任务。

1200个病人相当于该院胃镜室全年病人的四分之一，这给工作量已经处于饱和状态的胃镜室增加了很大的工作难度。但是，胃镜病理科克服人手少，任务重，工作紧的困难，自13年12月中旬至今，每天上午安排10个筛查病人，周六上午加班安排15个筛查病人，再加上每天原有的门诊病人检查，工作量大幅增加。而且筛查病人由于有科研要求，每例检查都要用碘液染色，标本处理也有特殊要求，所以每个病人的检查时间比平常普通病人要多出一倍，这样一来，1200个病人相当于做平时的2400个病人。

该院胃镜室创建于1983年，在医院领导的重视和关心下，经过30年的发展，无论是诊治病人的数量，还是诊疗的质量，都有了质的飞跃。目前科室拥有一支高素质的医生队伍，其中高级职称医师3名，中级职称医师2名，并均有到上海瑞金医院，浙江大学附属医院进修的经历。为了使海岛人民享受到较好的医疗资源，通过购置先进的医疗设备，诸如OLYMPUSCV-260SL高清电子胃镜，FUJINONSP702超声胃镜，经鼻胃镜，德国ERBEVID200D电内镜治疗工作站等，开展了多项海岛实用型医疗技术，常规胃镜，经鼻胃镜（适用于不能耐受常规胃镜检查的患者和心肺功能不佳的患者），无痛胃镜，结合NBA和超声胃镜的早期胃癌诊断，食道静脉曲张内镜下介入治疗，非静脉曲张上消化道出血内镜下介入治疗，食道、胃异物内镜下取出术，食道、胃、十二指肠粘膜下肿瘤的超声胃镜诊断和术前评估，食道乳头状瘤，息肉内镜下APC治疗和圈套切除等等。新技术新项目《APC在食道乳头状瘤治疗中的应用》已开展10例并获2012年度县卫生局三等奖。年胃镜检查病人3000余例，胃癌及病变诊断率在本市享有一定的知名度，深得广大病员的信任。