职业病科分为两个科室，尘肺科（职一科）和中毒科（职二科）。

尘肺病学科是淄博市职业病防治院的传统重点学科，淄博市首批名科。是国内唯一的将头号职业病—尘肺病单独设科进行建设的科室，历经多年努力，现已发展成为我市乃至全省规模最大、设备齐全、技术力量雄厚的承担着尘肺病教学、科研、预防、治疗和康复的专业机构。曾参加过国家“八五”科技攻关课题的研究，填补了全省尘肺病肺灌洗治疗技术的空白，先后对我市、省内部分地市以及河北、安徽、四川、江苏、湖北等兄弟省的尘肺病患者实施肺灌洗治疗2600余例，取得了很好的效果，积累了丰富的肺灌洗经验，得到国内同行和病人的认可；成功的在国内率先开展尘肺病康复工作，技术属国内领先；对尘肺病的常见及疑难并发症如肺部感染、肺心病、肺性脑病等救治经验丰富，疗效独特。学科坚持以人为本的服务宗旨，强调“关爱生命、患者至上”的理念，被评为市卫生系统文明示范窗口等荣誉称号。

中毒科（职业病二科）是淄博市首批名科、重点学科，主要负责全市接毒接害职业病检查、急性中毒救治、中毒及物理因素疾病的诊断和治疗，承担临床教学科研及指导下级卫生防疫机构和企业开展职业中毒防治工作。多年来，收治丙烯酰胺、铅、苯、汞、锰和有机溶剂等各类中毒病人2500余例，诊断中毒及其它职业病1000余例，引进血液净化技术，成功救治多例多脏器功能衰竭、严重感染、国内罕见的急性铊中毒、急性丙烯酰胺中毒及隐匿性中毒，积累了丰富的临床诊断和救治经验，急性中毒救治及慢性中毒防治属省内领先，部分项目国内领先。科室先后被授予市级青年文明号、巾帼文明示范岗等荣誉称号。