肛肠科是省级重点中医专科。科室病区位于住院部五楼，开放床位30张；门诊设在门诊大楼二楼。主要收治痔、肛瘘、肛裂、肛门直肠周围脓肿、直肠脱垂、肛乳头瘤、肛管直肠炎、结直肠肿瘤等肛肠疾病病人。

科室融合中医传统诊疗方法和现代诊疗技术对痔、肛瘘、肛裂、肛门直肠周围脓肿、直肠脱垂、肛乳头瘤、直肠肛管炎、结直肠肿瘤等肛肠疾病进行规化、个体化和特色治疗。主要采用药物注射、结扎、挂线等微创治疗手段，同时运用中药口服、熏洗、坐浴、喷雾及中药药膏外敷等综合方法，以“微创伤、微疼痛”为特色，以“短病程、高疗效”为理念，并运用独特的手工式TST、RPH等先进技术，成功地解决了费用高昂、手术痛苦大等治疗难题，赢得了患者普遍赞誉。科室开展的结肠水疗法是一种无创性结直肠疾病的保健治疗措施，主要用于各种结直肠及肛门病的术前准备以及炎症性肠病和便秘的治疗，其治疗效果良好。科室综合实力在江油地区处于领先地位，在毗邻地区一直享有盛誉。

专科院内制剂：清热润肠合剂、黄连洗液、熏洗汤、生肌紫草油纱、黑油痔疮膏、创伤喷雾剂等广泛运用于临床，疗效显著。