该院泌尿外科是南通市中医重点建设专科，开放床位40张。现有主任医师1名、副主任医师2名、主治医师2名、住院医师3名。泌尿外科包括病房、门诊以及体外震波碎石中心。门诊设有三个诊室，分别是：泌尿科专家门诊、前列腺专病门诊、中医男科门诊。
泌尿外科是上海第一人民医院重点合作科室及手术基地。常年与上海第一人民医院、上海仁济医院、南京鼓楼医院、南通附属医院、南通市中医院等专家合作，正规治疗前列腺增生症、泌尿系结石、肾脏肿瘤、膀胱肿瘤、前列腺癌、前列腺炎、血尿、久婚不育、性传播疾病等。
微创外科是泌尿外科的一个发展方向，科室目前开展的微创外科治疗项目有：腹腔镜肾癌根治术，腹腔镜膀胱癌根治回肠代膀胱术、腹腔镜肾部分切除术，腹腔镜前列腺癌根治术，绿激光前列腺治疗术，前列腺电切术，输尿管镜下碎石取石术等。
于2003年起，在同级医院中率先开展前列腺电切术，取得满意效果，至今手术例数已超二千例。2014年在南通市率先引进绿激光治疗前列腺增生及膀胱表浅肿瘤，将科室的技术水平提高到了一个新的台阶。泌尿系结石是泌尿外科的常见病、多发病，科室采用多手段综合治疗，如体外震波碎石法、输尿管腔内碎石取石法、中药及耳穴埋籽溶石排石法、中药预防结石再生法，通过综合治疗，达到提高结石的治愈率，减轻病人痛苦，降低治疗费用的目的。
科室有科研项目六项，其中获南通市科学技术进步三等奖一项，获海门市科技进步二等奖一项。近年科室有二十多篇学术论文在国内核心期刊发表。
与上海市第一人民医院合作开展的项目：
