合肥市妇幼保健院新生儿科创建于1985年，合肥市第三周期医学特色专科，全省最大规模的新生儿科之一，设置床位40张，由新生儿病房、新生儿重症监护室（NICU）及新生儿专科门诊组成。病区总使用面积1000m²，布局设计科学，现设有新生儿重症监护病床12张，普通新生儿病床28张，现有主任医师3人，主治医师3人，医生6人，护士22人。病区分为5个部份，包括新生儿重症监护室、早产儿室、普通治疗观察室、蓝光治疗室、隔离室。是全封闭的、无家人陪伴区，病区环境宽敞、明亮、整洁、通风，由专业护理人员24小时轮流护理，护理水平一流，处处呈现着温馨、体贴、耐心的服务，营造仿宫内环境、轻柔的抚触服务。

设置视频监控探视系统，可让家长随时了解病情，避免近距离探视带来交叉感染的危险。以治疗新生儿窒息、感染性疾病、新生儿黄疸、极低出生体重儿、超低出生体重儿等疾病为主，在早产儿管理及呼吸机治疗水平达市内一流。每年抢救危重患儿近600例，抢救成功率达98.2%；极低出生体重儿的抢救成功率也逐年上升，存活率达89.2%；其中存活的早产儿最小出生体重900克，最小出生胎龄为26周，成功救治低出生体重的四胞胎和多例三胞胎。

强化与产科的密切合作与产科医生同步、24小时有新生儿专科医生值班，如高危妊娠分娩时新生儿科医生到场主持新生儿窒息复苏工作极大地提高了高危新生儿抢救水平，并承担母婴同室病房新生儿的医疗和保健工作。