药学部是集药品供应，制剂生产及科研教学工作为一体的综合性科室，设有门诊药房，中心药房，药库，制剂室，药检室，Ⅰ期临床试验研究室，天然药物研究室和药学情报资料室。药学部在合理用药、药品不良反应、治疗药物监测（可以开展地高辛、环孢霉素、氨茶碱、卡马西平、丙戊酸钠、苯妥英钠等血药浓度测定）。昆明总医院国家药物临床试验机构办公室设在药剂科，药学部还设有Ⅰ期临床试验研究室，可以开展新药的药代动力学、耐受性及生物等效性试验。此外，药学部在天然药物开发尤其是抗菌及抗病毒天然药物开发方面有独特的优势。药学部现有专业技术人员50余人，其中主任药师1人，副主任药师3人，主管药师10余人；药学部学历层次高，分别为博士2人，硕士7人，本科生22人。作为昆明医学院、贵阳医学院及大理医学院的本科生实习点，每年带教大学本科实习生20余人。近5年来，药学部获国家自然基金2项，云南省科研基金3项，总后科研基金1项，发表论文100余篇。