沈阳军区总医院泌尿外科是军区重点科室及军区肾脏移植中心，现有床位36张，科内设有肾移植配型实验室、内窥镜检查室和尿动力学检查室。现有医生11人，其中高级职称7人。拥有博士学位5人，硕士学位2人。医疗设备包括等离子汽化电切系统、膀胱尿道镜及视频系统、输尿管镜、经皮肾镜、钬激光碎石系统和尿动力学检查系统。

同种肾移植是科室的特色技术，是国内著名移植中心之一。自1978年8月成功开展首例同种肾移植以来，已完成肾移植手术1700余例，一年存活率达95%以上，存活最长者已达29年，患者中年龄最大的72岁，最小的14岁。开展了HLA配型和PRA检测，与药理基地合作开展了多种免疫抑制剂浓度监测，对病人采用个体化用药方案，提高了疗效，减少了副作用。2005年沈阳军区总医院泌尿外科开展亲体活体肾移植，取得良好效果。

普通泌尿外科也具有较高的水平，能够开展肾癌根治、肾盂成形、全膀胱切除、前列腺切除、肾上腺切除等大手术及腹腔镜手术，尤其是肾上腺手术，属泌尿外科高危手术，自开展以来无死亡病例。从上世纪80年代初，在国内较早开展了TURP（经尿道前列腺电切术），2001年开展了等离子汽化电切治疗前列腺增生及膀胱肿瘤，目前已超过800例。