腹部外科是温州医学院附属第一医院最早成立的临床学科之一。

著名外科学家钱礼教授是该学科创始人之一，钱教授在该学科工作期间编著的《腹部外科学》是中国最早出版的腹部外科专著，曾影响国内一代外科医师的成长。经过数十年来几代人的努力，专业队伍不断壮大，专业水平不断提高。该学科专业齐全、技术力量雄厚，梯队结构合理。自2001年起，腹部外科分为肝胆胰外科、胃肠外科、腔镜外科、血管外科和肛肠外科等专科。

肝胆胰外科成立于2001年，但早在20世纪80年代，温州医学院附属第一医院腹部外科就在钱礼教授的领导下成立了胆道外科研究室，致力于胆道疾病的临床与实验研究，并取得了丰硕成果。可以认为温州医学院附属第一医院的胆道外科研究室是现今肝胆胰外科的雏形。肝胆胰外科现有固定床位145张，专业医师28人，其中正高职称8人，副高职称6人，博士学位8人，并拥有一支具有高超专业素质和技术水平的专业护理队伍。

近年来在院长张启瑜教授的带领下，肝胆胰外科在学科建设和新技术应用方面取得了巨大成绩，如成功开展了临床肝移植、肝肾联合移植、胰肾联合移植手术，并取得良好效果；成功开展了重症胰腺炎区域动脉灌注治疗的动物实验和临床应用；腹腔镜微创手术在胆囊切除、脾切除、肝囊肿手术以及直肠癌切除等方面的应用；对门脉高压症的手术方式进行改进：如开展了选择性脾胃区减断分流术；开展了高难度肝门部胆管癌切除术、无血切肝改良技术、保留脾脏和脾脏血管的胰体尾切除术和消化道连续性吻合术等新术式。均居浙南和闽北地区领先水平，部分已达国内、省内领先和先进水平，取得了很好的社会效益，深受广大病员信赖。