上海交通大学医学院附属第三人民医院从建院起即引入消化专科医师，积极收治消化疾病患者，1983年成立消化内镜室，在姚晓衡主任的带领下逐步开展纤维胃镜、肠镜、ercp、小肠功能测定、呼气氢试验等诊治工作。消化内科成立于1993年。
消化内科现有病床20余张，下设重症病房、特需病房及内镜室，科室现有医师共11人，其中教授、主任医师2人，副教授、副主任医师3人，讲师、主治医师3人，住院医师3人；其中博士2人，硕士5人；主管护师3人，护师4人，护士3人。承担日常门急诊、住院、消化内镜诊疗工作，年门急诊量逐年上升，年出院病人600余人次。
【医疗特色】消化内科主要承担日常门急诊、住院、消化内镜诊疗工作，年门急诊量逐年上升，年出院病人600余人次。近年来消化科诊治了大量慢性胃炎、消化性溃疡、幽门螺杆菌感染、肠易激综合征、炎症性肠病、胃食管反流病、消化道出血、各种胃肠道肿瘤患者，对慢性肝病、失代偿期肝硬化、肝性脑病、急慢性胰腺炎等疾病的诊断治疗也积累了丰富的临床经验。消化内镜室配备有多台先进的日本进口奥林巴斯电子胃镜、电子结肠镜，氩离子凝固和高频电一体机、高频电发生器，14c尿素呼气检测仪，长期开展内镜下各种胃肠道疾病的诊断及治疗工作，内镜下治疗的项目有：急诊内镜检查治疗、止血药物注射、金属钛夹止血、胃肠息肉摘除术、尼龙绳结扎术、胃肠道急诊取异物、门脉高压食管胃底曲张静脉破裂出血的硬化剂注射、皮圈套扎、组织黏合剂止血等。同时对消化道恶性肿瘤、高危人群和癌前病变者进行随访，并与放射科、肿瘤科合作开展消化系统疾病的放化疗、介入治疗。对有特殊需要者还可作无痛苦胃肠镜检查及治疗。
消化内科多年来承担上海交大医学院本、专科生的理论授课和临床带教任务，培养了大量的医学人才；近年来参与上海交大医学院住院医师规范化培训和上海市卫生局住院医师规范化培训，目前已被批准为上海市专科医师培训基地。
【学科建设】消化内科现有博士2人，硕士5人，目前承担国家自然基金1项，上海市卫生局、市教委、市科委、交大医学院及院级、区级课题多项，1人获上海市科技启明星称号，主要的研究方向为胃癌、大肠癌的基础与临床，近几年共发表SCI论文及核心期刊论文十余篇，举办多期国家级医学继续教育学习班。
