复旦大学附属金山医院耳鼻喉科是金山区历届的重点学科，现为金山区卫生系统医学重点建设专科，复旦大学耳鼻喉科硕士研究生培养点。科室现有床位36张，专科医师12名，其中，主任医师1名，副主任医师3名，主治医师2名，住院医师6名，硕士以上5名。该科拥有先进的仪器设备：包括鼻内窥镜、硬管放大喉镜、鼓室镜、高速电钻、多功能微波治疗仪、纤维鼻咽喉镜、显微镜、多功能纯音测听仪、中耳分析仪、眼震电图仪、面神经电图扫描记录仪、脑干、听觉诱发电位记录仪、呼吸睡眠监测仪、耳鼻喉科综合诊疗台等。目前该专科擅长鼻、咽喉、耳急慢性炎症及息肉、鼻出血、渗出性中耳炎、中耳胆脂瘤、耳聋、眩晕症、面神经瘫痪、耳、鼻、咽喉、食道、气道异物，耳、鼻、咽喉良恶性肿瘤等疑难杂症的治疗，科室颇具特色手术有耳显微外科手术，显微喉镜下声带手术，鼻内窥镜手术，头颈部良恶性肿瘤，侵及颅底的肿瘤切除加功能重建。科室重视人才培养，促进学科发展，其技术力量已达到上海市区三级甲等医院重点学科水平。学科带头人徐林根教授，先后被评为全国劳动模范、服务明星、上海市先进共产党员、上海市首届五一劳动奖章、上海市劳动模范、金山区共产党员标兵等荣誉称号。科室医、教、研诸方面在金山区及周边地区名列前茅。