第三军医大学胸心外科由我国胸心外科的开拓者吴英恺教授等创建于1944年,于1944年施行了我国第一例动脉导管结扎手术,是国内最早开展胸心外科手术的科室培养之一.之后,经徐日兴、刘欲团、钟伯龙等教授的艰苦努力，在国内最早开展了食管和肺脏手术。1959年开展低温麻醉下心内直视手术，1964年率先在西南地区开展了体外循环下心内直视手术。为中国胸心血管专业外科的创立和早期发展做出了重要贡献。
第三军医大学新桥医院胸外科，成立于1952年，为国务院最早批准的胸心外科博士/硕士学位授予点，为国家重点学科，重庆市高校重点学科。1953年即开始肺和食管手术，是国内较早开展胸外科手术的科室之一。以食管外科、肺外科、重症肌无力外科治疗及胸腔镜外科为主攻方向。形成鲜明特色和国内领先优势。科室本着基础研究与临床诊治并重的原则，先后开展了晚期肺癌扩大化手术治疗、慢阻肺肺减容术、颈段食管癌根治、纵隔巨大肿瘤切除、婴幼儿胸壁巨大肿瘤切除及新生儿先天性膈疝修补等国内外高难度手术。并已施行心肺联合移植手术 。
目前胸外科拥有正副教授6名，研究生导师3名，主治医师、讲师6名。全科医师均具有医学博士学位。近年来，获军队及重庆市成果奖10项。其中军队科技进步二等奖和军队医疗成果二等奖3项，重庆市科学技术进步二等奖2项，军队医疗成果三等奖5项，承担国家 军队和重庆市科研课题10余项。
胸外科目前拥有有进口高档呼吸机5台等大型设备，设备总值千万余元。展开床位80张，监护床位20张，年门诊量10000余人次，月平均住院基础人数300人次，年收治量3000人次，年手术相同量1000余台次。手术均由教授或高年资主治医师把关，亲自主刀手术及处置术后并发症。手术成功率达99%以上，手术病人年龄范围不断扩大，最小年龄为出生2小时的新生儿，最大年龄为86岁高龄老人。手术并发症极低，手术质量及手术例数居西南地区及重庆市前列。平均住院日明显缩短 降低了手术及住院费用。
