内分泌科成立于1990年，1998年、2000年先后批准为硕士、博士学位授权学科，承担第二军医大学临床医学院（5、7、8年制）本科生、硕士和博士研究生的内分泌代谢病学教学工作。历任主任有刘志民教授、石勇铨副教授。现任主任石勇铨副教授，副主任邹俊杰副教授。
　　内分泌科是一个优秀的临床、科研和教学团队，现有医师13人，技术人员2人，护理人员13人，其中教授1人，副教授5人，主治医师4人，获博士学位者8人，获硕士学位者4人。目前科室有博士生导师1人，硕士生导师2人，迄今共培养博士及硕士研究生近40余名。
　　内分泌科设有内分泌实验室、糖代谢实验室和临床受体实验室，并设有上海市糖尿病、内分泌及受体病会诊中心。年门诊量近8万人次，年收治疑难内分泌代谢疾病患者近1200人次。内分泌科在糖尿病慢性并发症的的诊治及机理研究、甲状腺相关性眼病和难治性甲状腺疾病的基础和治疗研究，在国内和上海市处于领先的地位，临床受体基础和临床研究已经开展20余年，尤其是褪黑素及其受体的研究更是达到国际先进水平。形成了糖尿病慢性并发症发病机制研究、褪黑素及其受体基础与临床研究、甲状腺相关性眼病及难治性甲亢发病机制和诊治研究、糖尿病强化治疗研究等学科特色和科研方向。
　　内分泌科近年来共获国家科技部重大基础研究973计划子课题1项，国家自然科学基金8项，上海市重大科技攻关项目1项，其他省部级基金9项，总金额近500万元，在国内核心期刊发表论文300余篇，其中SCI收录论著17篇，影响因子累计40余分，主编、参编著作20余部。研究成果先后获上海市科技进步二等奖1项、军队科技奖三等奖3项。